Thèse soutenue

Détection par PCR multiplex de Clamoydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae et Legionelle et identification des Legionella par séquençage de l'espace intergénique séparant les ARNr 23S et 5S
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Auteur / Autrice : Christophe Ginevra
Direction : Bruno Pozzetto
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génie biologique et médical
Date : Soutenance en 2005
Etablissement(s) : Saint-Etienne
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université Jean Monnet (Saint-Étienne). Faculté de médecine Jacques Lisfranc

Mots clés

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Résumé

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Ce travail décrit l'intérêt de l'utilisation d'outils moléculaires pour le diagnostic et l'identification de bactéries pathogènes strictes du tractus respiratoire telles que Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae et les bactéries du genre Legionella. En premier lieu, une trousse de diagnostic moléculaire des infections par ces pathogènes a été développée conjointement par le laboratoire de bactériologie du CHU de Saint-Etienne et par la société Argène Biosoft. La détection repose sur une amplification génique multiplex suivie d'une révélation en microplaque par hybridation d'une sonde générique, permettant d'obtenir un résultat dichotomique : négatif ou positif pour une bactérie atypique, et par hybridation de sondes spécifiques de genre (Legionella) et d'espèces (C. Pneumoniae, M. Pneumoniae et L. Pneumophila) permettant d'identifier le pathogène détecté parmi les 3 recherchés. Cette trousse a été évaluée sur un ensemble de souches de référence et cliniques de ces 3 bactéries, par des études cliniques rétrospectives et prospectives ainsi que dans le cadre d'un contrôle de qualité international. Dans un deuxième temps, une méthode d'identification au niveau de l'espèce des bactéries du genre Legionella a été mise au point. L'espace intergénique séparant les ARN ribosomaux 23S et 5S a été choisi comme marqueur taxonomique ; cette région est amplifiée par PCR en temps réel à l'aide d'amorces spécifiques, séquencée et comparée aux séquences des bases de données, permettant une identification rapide des Legionella. L'amplification peut être réalisée directement à partir de prélèvements de patients atteints de légionellose, ce qui permet de s'affranchir de l'étape d'isolement de la bactérie parfois difficilement réalisable dans ce type d'infections.