Etude des mécanismes de reconnaissance des promoteurs par l'ARN polymérase EsigmaS chez Escherichia coli.

par Claire Checroun

Thèse de doctorat en Microbiologie

Sous la direction de Claude Gutierrez.

Soutenue en 2004

à Toulouse 3 .

mots clés

• Transcription
• Régulation
• Facteurs sigma
• ARN polymérase
• ARN polymérases
• Escherichia coli
• Expression génique

Résumé

Parmi les 7 facteurs sigma de l'ARN polymérase (ARNP) d'E. Coli, sS, responsable de l'induction des gènes à l'entrée en phase stationnaire et en réponse générale au stress, est le plus homologue au facteur s70. Les séquences optimales pour la reconnaissance par ces deux facteurs sont pratiquement identiques et de nombreux promoteurs sont reconnus à la fois par les deux formes d'ARNP. L'objectif de ce travail a été de comprendre comment fonctionne sS, et les bases de sa spécificité. Une approche par suppresseurs nous a permis d'identifier des résidus cruciaux pour l'initiation de la transcription par EsS, et l'analyse des variants obtenus nous a amené à proposer l'existence d'au moins deux mécanismes de reconnaissance dépendant de l'oragnisation intrinsèque des promoteurs. L'existence de ces deux mécanismes pourrait apporter un niveau de régulation supplémentaire de l'expression des gènes et permettre une expression différée et /ou plus moins forte selon le mécanisme mis en jeu.

Titre traduit

Mechanisms of promoter recognition by the RNA polymerase EsigmaS in Escherichi

Résumé

The sS subunit of the RNA polymerase of d'E. Coli is required for the induction of genes in response to stressful conditions and in poor conditions of growth. Its targets largely overlap with those of s70 but despite the fact that sS and s70 recognize almost identical consensus sequences, many promoters are specifically transcribed by EsS in vivo. The sequence elements involved in selectivity of transcription initiation by EsS or Es70 are still unclear. The order to better understand what makes a promoter sS-dependent. A suppressor approach has allowed us to identify positions involved in transcription initiation by EsS. A further analysis of the variants obtained has led us to propose that EsS can recognize promoters by at least two different mechanisms, according to the promoter organization. This dual behavior of sS could offer the cell an additional regulation level of gene expression.