Un système bioinformatique de recherche de similitudes fonctionnelles dans les structures 3D de protéines

par Martin Jambon

Thèse de doctorat en Informatique

Sous la direction de Christophe Geourjon.

Soutenue en 2003

à Lyon 1 .

mots clés

• Bioinformatique
• Protéines -- Conformation

Résumé

SuMo est un système bioinformatique de comparaison de structure 3D de protéines. Le but de cette approche est de faciliter l'exploration des données structurales par les biologistes et la formulation h'ypothèses fines sur l'implication biologique des protéines. Contrairement aux approches existantes dans ce domaine, SuMo ne s'attache pas à résoudre un problème formel dérivant d'une modélisation de la notion de fonction biologiqie. Ceci autorise des efforts constants de développement de l'heuristique mise en oeuvre, permettant de se rapprocher des notions intuitives de fonction biologique plutôt que de coller à un modèle mathématique peu réaliste. L'heuristique développée est basée sur la représentation des macromoléculaires par des groupement chimiques aux propriétés géométriques hétérogènes et associés en triplets. L'utilisation de SuMo s'éffectue directement à partir du serveur web htto://sumo-pbil. Ibcp. Fr. Le criblage de la banque de sites de fixation de ligands générée par et pour SuMo permet de repérer de façon conviviale de potentielles cibles thérapeutiques.

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