Etudes microbiologiques d'eaux de gisements pétroliers du Queensland (Australie)

par Mónica del Pilar Bonilla-Salinas

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé. Microbiologie moléculaire et biotechnologie

Sous la direction de Bernard Ollivier.

Soutenue en 2003

à Aix-Marseille 1 , en partenariat avec Université de Provence. Section sciences (autre partenaire) .

mots clés

• Phylogénie
• Bactéries anaérobies -- Analyse cladistique
• Anaérobiose
• Gisements pétrolifères -- Microbiologie -- Queensland (Australie)
• Réservoirs souterrains -- Microbiologie -- Queensland (Australie)
• Eau -- Bactériologie

Résumé

Les études microbiologiques conduites sur des eaux de gisements pétroliers australiens nous ont conduits à l'isolement de nouvelles bactéries thiosulfato-réductrices et nitrato-réductrices. Parmi les bactéries thiosulfato-réductrices, il a été montré que la souche OCA1 se rapprochait phylogénétiquement de "Thermoanaerobacter subterraneus" et de la souche SL9, deux autres bactéries isolées de puits français, suggérant que ce type de microorganismes habite communément les environnements pétroliers. Ce rapprochement phylogénétique a également été observé avec "T. Yonseiensis", "T. Tengcongensis", ou "Carboxydobrachium pacificum" isolées d'environnement chauds terrestres ou marins. Sur la base d'arguments génotypiques et phénotypiques, la définition (i) d'un nouveau genre et d'une nouvelle espèce bactérienne, "Caldanaerobacter subterraneus" gen. Nov. , sp. Nov. , comb. Nov. (ii) de quatre sous-espèces (subterraneus, yonseiensis, tengcongensis, pacificus) a été proposée. Un nouveau genre et une nouvelle espèce appartenant toujours à la famille des Thermoanaerobiaceae, Mahella australiensis, gen. Nov. , sp. Nov. Ont également été répertoriés dans les eaux de gisements pétroliers. Grâce à des études moléculaires réalisées sur les gènes codant pour l'ARNr 16S, nous avons remarqué que l'ajout de thiosulfate, d'une part, et la température d'incubation de nos enrichissements, d'autre part, modifiaient sensiblement l'image de la diversité bactérienne in vitro, favorisant ainsi l'émergence et donc l'isolement de microorganismes phylogénétiquement différents provenant d'un même écosystème. En ce qui concerne les bactéries nitrato-réductrices, ce sont avant tout des populations anaérobies facultatives que nous avons mises en évidence. Une nouvelle bactérie modérée thermophile spécialisée dans l'oxydation d'acides organiques s'est révélée être un nouveau genre et une nouvelle espèce bactérienne, "Petrobacter succinatimandens" gen. Nov. , sp. Nov. Enfin, nous avons eu l'occasion de décrire une nouvelle espèce du genre Roseomonas, R. Nitratireducens sp. Nov. , bactérie mésophile capable de fermenter les sucres, mais également les acides organiques. Ce travail met en évidence l'existence de nouvelles populations de microorganismes anaérobies ou anaérobies facultatifs présents en milieu pétrolier et susceptibles de jouer un rôle écologique important in situ en fonction de la disponibilité des deux accepteurs d'électrons que sont le thiosulfate et le nitrate.

Titre traduit

Microbiological studies on oilfield waters from Queensland Australia

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