Le virus de l'hépatite A : de sa quantification, à l'analyse de sa variabilité génétique en vue d'une nouvelle classification phylogénétique

par Mauro Costa-Mattioli

Thèse de doctorat en Sciences de la vie et de la santé. Virologie et phylogénie moléculaire

Sous la direction de Sylviane Billaudel et de Juan Cristina.

Soutenue en 2002

à Nantes .

mots clés

• Virus de l'hépatite A
• Épidémiologie moléculaire
• Virémie

Résumé

Les analyses phylogénétiques de régions spécifiques du génome virale du virus de l'hépatite A (VHA) ont montré que différents génotypes pouvaient circuler à travers des régions géographiques diverses. Afin de déterminer la variabilité génétique et le mode d'évolution du VHA au cours des épidémies survenues en Europe et en Amérique du Sud, des analyses des séquences des régions VP1-amino-terminale, VP/2A, et de la région codant pour la protéine VP1 complète des souches isolées en France, au Kosovo, en Uruguay, au Chili et en Argentine ont été réaliseés. . . . L'analyse de la région codant pour la protéine VP1 a permis i) de proposer une nouvelle classification pour le VHA ii) de révéler l'émergence d'un nouveau variant, qui présente une délétion de 15 acides aminés dans la région VP1 immunogénique, iii) de déterminer le mode d'évolution du VHA. . . . Deux méthodes, l'un de distance, l'autre de maximum de vraisemblance ont mis en évidence pour la première fois un événement de recombinaison entre deux génotypes du VHA.

Résumé

Hepatitis A, is a significant cause of morbidity and socio-economic losses in many parts of the world. Genetic analysis of selected genome region of hep atitis A virus (HAV) suggested that distinct genotypes of HAV could be found in different geographic regions. In order to gain insight in to the genetic variability and mode of evolution of HAV during different epidemic outbreaks in Europe and South America, analysis of sequences data from the VP1-terminus, the VP1/2A and the complete VP1 region of HAV strain isolated in France, Kosovo, Uruguay, Chile and Argentina were performed. . . To explore further the genetic relationships between HAV viruses and to characterise the evolutionary mechanisms responsible for variation, sequences from the three major capsid proteins were subjected of detailed comparison. Phylogenetic profile and a maximum likelihood method provided evidence for the first time from a recombination event between two genotypes (VII and IB) of HAV in nature within the VPl coding region.