Thèse soutenue

Redondance genique et redondance genetique chez les levures hemiascomycetes
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Auteur / Autrice : BERTRAND LLORENTE
Direction : Bernard Dujon
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences biologiques fondamentales et appliquées
Date : Soutenance en 2001
Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

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Les genes paralogues representent environ 40% du genome de saccharomyces cerevisiae. Ils codent des proteines paralogues aux proprietes biochimiques similaires voire identiques, ce qui n'est pas toujours le cas de leurs roles biologiques. A travers une premiere approche fonctionnelle, nous avons participe a l'analyse systematique de la redondance genique chez s. Cerevisiae. Nous avons etudie quatre familles de genes paralogues aux fonctions inconnues et mis en evidence que l'une d'elles est essentielle a la biosynthese de la thiamine. Seules thi20p et thi21p sont isofonctionnelles et codent des kinases d'hydroxymethylpyrimidine phosphate, alors que thi22 et pet18 ne codent pas de fonctions essentielles a la biosynthese de cette vitamine. L'analyse des regulations du transcriptome induites par la thiamine nous a fait nous interesser plus particulierement a la famille de permeases de da15p, et nous avons identifie un nouveau substrat specifique de l'un de ses membres, tna1p. Les trois autres familles etudiees ne sont pas essentielles a la vie de la cellule dans les conditions standards de laboratoire. Nous avons des evidences de redondance fonctionnelle partielle pour des membres de deux d'entre elles, impliquees respectivement dans le metabolisme de la paroi cellulaire et des esters. La quatrieme famille reste encore de fonction inconnue. A travers une seconde approche comparative, realisee dans le cadre du programme genolevures, programme collaboratif d'exploration genomique de 13 levures hemiascomycetes, nous avons mis en evidence que le degre de redondance genique de s. Cerevisiae est globalement conserve au sein des toutes ces especes, sauf celui de ses genes subtelomeriques. Cumule avec l'analyse de la conservation de la syntenie, ce resultat nous a permis de proposer un modele d'evolution des genomes des hemiascomycetes. Ce modele est base sur un equilibre dynamique entre des duplications de grands fragments chromosomiques, et des evenements de deletions.