Le gene d'avirulence avrlm1 chez l'ascomycete phytopathogene leptosphaeria maculans : marquage moleculaire et caracterisation de son environnement genomique

• Auteur / Autrice : Agnès Attard
• Direction : Thierry Rouxel
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques fondamentales et appliquées. Sciences médicales
• Date : Soutenance en 2001
• Etablissement(s) : Paris, Institut national d'agronomie de Paris Grignon

Résumé

Leptosphaeria maculans (forme imparfaite phoma lingam) est l'ascomycete responsable de la necrose du collet des cruciferes, principale maladie du colza, brassica napus. Suite a la demonstration de l'existence d'une relation gene-pour-gene lors des interactions l. Maculans i b. Napus puis au developpement d'une carte genetique de l. Maculans (ansan-melayah, 1998 ; balesdent et al. , 1999), l'objectif de cette these etait double : (i) la caracterisation de marqueurs moleculaires genetiquement lies au gene d'avirulence avrlm1 pour initier le clonage positionnel d'avrlm1 et (ii) la transposition de tels marqueurs de la carte genetique au champ, devait permettre d'evaluer leur utilite en tant que marqueurs de race. Au cours de cette these, une banque genomique de grands fragments d'adn (banque bac) a ete construite et structuree. Le criblage de cette banque a permis d'identifier un contig de 206 kb contenant les trois marqueurs moleculaires cosegregeant avec avrlm1, j19-1,1, ad1-1, 53 et j53-1,3. L'ensemble de ces marqueurs couvre une region de 115 kb depourvue d'evenements de recombinaison. La localisation du marqueur gtg5-0,4 dans le contig a permis de borner genetiquement et physiquement avrlm1 en 5. L'etude des marqueurs lies, puis de la sequence du contig a montre que l'environnement d'avrlm1 est riche en sequences repetees dispersees de type minisatellite (minlm1), microsatellites et elements repetes disperses. Les marqueurs moleculaires lies a avrlm1 ont ete utilises pour analyser 154 souches naturelles de phenotype avrlm1 ou avrlm1. Ces marqueurs (j19-1,1, vir1 et j53-1,3) se sont averes etre associes au phenotype avrlm1 dans plus de 90% des cas. L'ensemble des connaissances accumulees au cours de ce travail de these a permis d'emettre l'hypothese qu'en france, chez la plupart des souches naturelles virulentes, la perte d'avirulence est liee a la deletion de l'ensemble de la region genomique (entre 40 kb et 115 kb) contenant les marqueurs moleculaires cosegregeant.