Les champignons du genre Alternaria pathogènes des crucifères et transmis par les semences : identification moléculaire et analyse de la variabilité génétique

Seed-borne Alternaria species pathogenic to crucifers : molecular identification and genetic variability

Ciuperci din genul Alternaria transmise prin seminte de crucifere : detectie moleculara, variabilitate si activitate patogena

• Auteur / Autrice : Béatrice Michaela Iacomi
• Direction : Philippe Simoneau, Eugeniu Docea
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie végétale
• Date : Soutenance en 2001
• Etablissement(s) : Angers en cotutelle avec Bucuresti, Universitatea de stiinte agronomice si medicina veterinara

Mots clés

Mots clés contrôlés

Champignons pathogènes

Fongicides

Polymorphisme génétique

Semences

Crucifères

Alternaria

Résumé

Alternaria brassicae, A. Brassicicola, et A. Japonica, constituent un complexe d'espèces pathogènes des crucifères et responsable de la maladie des taches noires. Afin de limiter la propagation de cette maladie lors de échanges internationaux, il est nécessaire de garantir la qualité sanitaire des semences par la certification de l'absence de ces trois espèces pathogènes dans les lots de graines commercialisés. La méthode actuelle de détection qui s'appuie sur leur mise en culture et leur identification morphologique est lourde et souvent peu fiable. Une méthode de diagnostic moléculaire utilisant l'amplification par réaction de polymérisation en chaîne (PCR) a été développée. Des amorces spécifiques de chaque espèce ont été synthétisées sur la base des séquences nucléotidiques des espaceurs internes transcrits (ITS) de l'ADN ribosomique. Leur utilisation lors des réactions d'amplification en présence de matrices d'ADN extraites de macérats de graines, a permis de détecter après deux jours d'incubation, la présence d'A. Brassicicola et d'A. Japonica sur des semences contaminées à seulement 10%. A. Brassicae a également pu être détecté en utilisant une méthode similaire à l'aide d'amorces correspondant à un gène codant une cyclique-pepdide synthase. La variabilité génétique des trois espèce a été analysée à trois niveau : polymorphisme de l'ADN, sensibilité à fongicides et niveau d'agressivité. Ceci a permis de montrer que les individus de l'espèce A. Brassicae se propageaient de façon quasi-clonale avec une absence de résistance aux fongicides et une agressivité assez faible. A l'inverse, l'analyse des souches d'A. Brassicicola a révélé l'existence d'un polymorphisme assez important chez cette espèce avec identification d'isolats de terrain resistants aux phenylpyrroles et la mise en évidence d'une agressivité importante.