Analyse de la biodiversité bactérienne des sédiments anoxiques de milieux hypersales (marais salants de Salin-de-Giraud, France)

• Auteur / Autrice : Sophie Moune
• Direction : Pierre Caumette
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Microbiologie
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Pau

Mots clés

Mots clés contrôlés

Matériaux céramiques

Résumé

Au cours de ce travail differentes approches ont ete utilisees pour etudier la biodiversite microbienne d'un milieu hypersale, les marais salants des salines de salin-de-giraud. La premiere approche a consiste a etudier des souches isolees des tapis microbiens et des sediments de deux stations de salinite differente. Les caracterisations phenotypiques, physiologiques et biochimiques ont ete completees par une caracterisation genotypique. Pour cela, les methodes moleculaires, basees sur le sequencage du gene codant pour l'arnr 16s, ont ete appliquees. Ce travail nous a permis d'identifier et de decrire trois nouvelles especes halophiles : haloanaerobacter salinarins, orenia salinaria et halorhodospira sp. Toutefois, les especes isolees ne representant qu'une faible proportion du nombre d'especes reellement presentes, la deuxieme approche a consiste a effectuer l'analyse moleculaire de la biodiversite bacterienne a partir de quelques grammes de sediment preleves dans deux bassins de salinites differentes (16 et 22%). Apres une amplification des adnr 16s par pcr, clonage, sequencage et identification de 148 clones, nous avons pu constate une biodiversite importante des eubacteries et des archaebacteries dans les deux stations probablement due a la presence d'un tapis microbien ou de nombreuses bacteries interreagissent entre elles. La derniere approche a consiste aux premieres mises au point des techniques d'hybridation in situ par fluorescence dans le but d'analyser quantitativement les bacteries presentes dans les sediments et de quantifier leur etat d'activite. Des sondes specifiques de deux groupes de bacteries anaerobies (bacteries fermentatives et bacteries sulfato-reductrices) ont ete elaborees et testees. Les hybridations in situ, sur lame et en suspension, de souches pures anaerobies avec leurs sondes specifiques ont ete realisees. Les observations ont ete effectuees au microscope a epifluorescence et avec un cytometre de flux. Ce travail nous a permis d'approfondir nos connaissances sur les bacteries vivant dans les milieux hypersales dans le but de mieux comprendre le fonctionnement de ces ecosystemes.