Phylogénie moléculaire des foraminifères planctoniques

• Auteur / Autrice : Christophe (19..-.... Merle
• Direction : Michel Moullade
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

PCR (génétique)

Phylogénie

ADN

Plancton marin

Méditerranée (mer)

Foraminifères

Résumé

Des foraminiferes planctoniques actuels preleves en mediterranee ont fait l'objet d'extractions d'adn. Des amplifications genetiques par pcr, ciblees sur differents domaines de l'adnr 28s (lsu), ont ete pratiquees. La comparaison des sequences obtenues avec d'autres sequences eucaryotes, y compris des sequences provenant de foraminiferes benthiques, suggere une differenciation precoce des foraminiferes au sein de la phylogenie des eucaryotes, en contradiction avec l'apparition cambrienne du groupe, mais surtout une emergence des formes planctoniques a la base des formes benthiques. Ces resultats paradoxaux ont permis d'envisager l'implication d'un artefact de reconstruction, qui serait lie a l'evolution tres rapide des sequences des foraminiferes (en comparaison de celles d'autres protistes). L'evolution rapide des sequences a induit, au fil des substitutions successives, une saturation progressive du signal phylogenetique porte par l'adnr 28s, ce qui induit un regroupement artefactuel des sequences evoluant rapidement et entraine une distorsion sensible des phylogenies moleculaires obtenues. L'analyse complementaire de sequences d'adnr 18s (ssu) deposees dans les banques de donnees a confirme l'impact de cet artefact sur les reconstructions phylogenetiques, puisqu'il peut conduire a envisager une polyphylie des globigerinina qui n'avait pas ete jusqu'alors envisagee d'apres l'examen des donnees paleontologiques. Afin de tenter d'obtenir des sequences moins saturees, des amplifications ciblees sur des genes evoluant generalement plus lentement, codant des proteines telles que l'actine et les hsp 70 ont ete pratiquees. Ces amplifications se sont heurtees au probleme recurrent des contaminations des echantillons par de l'adn allochtone issu d'autres organismes (symbiotes ou proies des foraminiferes). Faute de pouvoir definir, comme dans le cas des genes ribosomiques, des amorces ciblant specifiquement l'adn des foraminiferes, des amorces universelles ont ete utilisees, ce qui a complique l'identification des sequences attribuables aux foraminiferes. L'obtention d'autres sequences d'hsp70 chez d'autres especes de foraminiferes reste un prealable indispensable pour pouvoir definir des amorces specifiques.