Etude taxonomique de Bradyrhizobium symbiotes de petites légumineuses au Sénégal

par Florence Doignon-Bourcier

Thèse de doctorat en Sciences. Écologie microbienne

Sous la direction de Philippe de Lajudie.

Soutenue en 1999

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Philippe de Lajudie.

mots clés

• ADN bactérien
• Bradyrhizobiaceae -- Classification
• Symbiose
• Azote -- Fixation
• Fabacées -- Sénégal
• ARN ribosomique 16S

Résumé

Une collection de 73 souches de bradyrhizobia a ete constituee a partir de 28 especes differentes de legumineuses herbacees du senegal appartenant a 13 genres differents, et importantes pour la gestion durable des regions arides et semi-arides au senegal. Ces souches ont ete caracterisees phenotypiquement et genotypiquement, en incluant des souches de reference de bradyrhizobium et une large selection de souches representatives des differents groupes de bradyrhizobium decrits dans la litterature. L'etude de leur spectre d'hote sur 5 plantes differentes a mis en evidence un certain niveau de specificite de nodulation parmi ces souches. L'analyse de leurs proteines totales a revele leur diversite, et a confirme qu'elles appartenaient au grand groupe des bradyrhizobium. L'analyse par ardra sur le gene codant pour l'arn 16s a montre que les souches se repartissaient dans cinq groupes phylogenetiques, dont deux contiennent les souches de reference de b. Japonicum et de b. Elkanii. Afin de resoudre le probleme methodologique qui se pose dans la taxonomie des bradyrhizobium, deux autres techniques genotypiques, aflp et pcr-rflp de l'igs, la region intergenique hypervariable qui se situe entre l'adnr 16s et l'adnr 23s, ont ete evaluees. Les groupes formes par les deux methodes sont coherents, et correles a l'origine geographique des souches mais pas a leur plante-hote d'isolement. Le pouvoir discriminatif de chaque methode a ete evalue, par des premiers resultats d'hybridations adn/adn obtenus par la technique en microplaque. Au bilan, cette analyse polyphasique permet de tracer une strategie pour les etudes taxonomiques futures dans bradyrhizobium et demontre la diversite genotypique des souches de bradyrhizobium de legumineuses herbacees du senegal, dont certaines pourraient representer de nouvelles especes.

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