Approches moleculaires de la flavobacteriose d'eau froide des salmonides due a flavobacterium psychrophilum

par CHEHID CHAKROUN

Thèse de doctorat en Océanologie biologique et environnement marin

Sous la direction de PIERRE DE KINKELIN.

Soutenue en 1997

à Paris 6 .

mots clés

Résumé

Une collection de 187 souches de flavobacterium psychrophilum de provenances geographiques variees et isolees chez differentes especes de poissons a ete etudiee en utilisant 3 methodes de typages : l'amplification en chaine aleatoire ou rapd, les profils plasmidiques et la ribotypie. L'analyse des profils de rapd grace au logiciel taxotron a montre une liaison nette de certains profils avec l'espece de poisson dont les souches avaient ete isolees, mais aucune relation avec l'origine geographique. La determination des profils plasmidiques a montre la presence d'au moins un plasmide chez plus de 85% d'entre elles. Un plasmide majoritaire, dont la taille est estimee a 3,5 kpb, a ete retrouve chez 130 souches, dont 126 isolees de truite arc-en-ciel. L'utilisation de la ribotypie avec les enzymes de restriction hinc 2 et pvu 2 sur une selection de 85 souches a montre qu'elle est plus discriminante que les 2 autres methodes. L'endonuclease hinc 2 a fourni 33 profils differents et pvu 2 28. L'analyse d'image a permis de separer les souches en 8 groupes principaux representant de nouveau une certaine relation avec l'espece hote mais pas avec l'origine geographique. Nous nous sommes en outre interesses a la detection et a l'identification de f. Psychrophilum par amplification en chaine ou pcr. Des amorces ont ete synthetisees a la suite de l'alignement des sequences de l'arnr 165 des especes phylogenetiquement proches de f. Psychrophilum. Ces amorces se sont averees specifiques et la pcr a permis de detecter f. Psychrophilum avec une bonne sensibilite, y compris dans les organes infectes.

Titre traduit

Molecular approaches of cold-water flavobacteriosis in salmonid fish caused by flavobacterium psychrophilum

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