Isolement de prophages de corynebacterium glutamicum : caractérisation génétique des fonctions intégratives phagiques

Isolation of corynebacterium glutamicum prophages. Genetic caracterization of the phages integrative fonctions

• Auteur / Autrice : Sylvie Moreau
• Direction : Annie Trautwetter
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques
• Date : Soutenance en 1996
• Etablissement(s) : Rennes 1

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bactériophages

Corynebacterium glutamicum

Résumé

A l'issue de l'induction de 24 souches de bacteries coryneformes, quatre phages ont ete isoles: phi15 et phi16 tous deux provenant des souches c. Glutamicum atcc 14020 et 21792 ainsi que 304l et 304s tous deux provenant des souches c. Glutamicum atcc 13058, 21650, 21488 et 21649. Seuls les phages phi 16, phi304l et phi304s sont integres dans leurs souches hotes d'origine. Aucune souche permettant la multiplication de phi304l ou phi304s n'a pu etre mise en evidence. Un derive c. Glutamicum atcc 21792 cure de 16 a ete isole et constitue le seul hote permettant la multiplication de ce phage. Les fonctions integratives des trois phages ont ete isolees sur des fragments de 1,6 kb a 2 kb. Clonees sur des plasmides non replicatifs, elles permettent l'integration des constructions dans les souches c. Glutamicum rm3 et bl15 et de surcroit dans la souche c. Glutamicum atcc 21792 curee pour le plasmide portant les fonctions integratives de 16. Pour chaque integron les sites d'attachement phagiques ainsi que les jonctions droite et gauche dans chaque souche hote ont ete sequences. La taille des sites cur est de 29 pb, 28 pb et 49 pb respectivement pour les phages phi16, phi304l et phi304s. Quel que soit l'hote la sequence du site attb est la meme pour un integron donne. En revanche, au sein d'un meme hote (c. Glutamicum rm3 et bl15) les trois integrons se fixe au niveau de sites differents. Pour le phage phi16 l'integration aurait lieu a cote du gene d'une protease de type clp et pour phi304s dans le gene d'un arnt. Les integrons minimaux de phi16, phi304l ont ete sequences. Ils contiennent un orf codant une proteine de 47,7 kda pour 16 et 43,5 kda pour phi304l, qui s'arrete a quelques bases de attp et dont le sens de transcription est dirige vers attp. Ces deux proteines presentent dans leur region carboxy terminale les quatre acides amines conserves de la famille integrase des recombinases site-specifique, ainsi que les regions homologues associees