Modelisation du site de combinaison d'un anticorps libre et lie a son antigene, la toxine alpha

par CATHERINE TENETTE

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de J. SMITH.

Soutenue en 1996

à Paris 11 .

mots clés

Résumé

Ce travail porte sur la prediction de la structure tridimensionnelle du complexe entre un anticorps monoclonal et son antigene, la toxine alpha. Cet anticorps est capable de neutraliser les toxines curarisantes courtes de serpent et de reconnaitre une partie du site fonctionnel de ces toxines, c'est-a-dire que son epitope sur les toxines recouvre en partie le site toxique reconnu par le recepteur nicotinique a l'acetylcholine. Pour cela, le fragment variable de l'anticorps a ete modelise a partir de sa sequence en acides amines. La modelisation par homologie a ete utilisee pour construire la region du fragment dont la structure est la mieux conservee. La structure du site de combinaison a ete predite a l'aide de trois methodes independantes: la dynamique moleculaire a haute temperature, dans le vide et en presence d'eau explicite, un algorithme de recherche conformationnelle uniforme et une procedure combinant l'utilisation les banques de donnees structurales et une methode de recherche conformationnelle uniforme. Puis des calculs de positionnement ont ete effectues pour predire la nature de l'association anticorps-antigene. La structure de la toxine a ete resolue par resonance magnetique nucleaire et l'epitope de l'anticorps sur la toxine cartographie par plusieurs experiences biochimiques. A l'aide de ces donnees, le nombre de modeles acceptables a pu etre reduit a huit. A partir de ces etudes de modelisation, nous avons propose plusieurs series d'experiences de mutagenese dirigee pour etablir une discrimination entre les differentes solutions. Certains de ces mutants devraient aussi permettre d'analyser certaines caracteristiques importantes du site de combinaison. Les premiers resultats de ces experiences sont discutes. Cette etude permettra l'elaboration d'un nouvel anticorps aux proprietes de liaison voisines de celles du recepteur nicotinique a l'acetylcholine

Titre traduit

Modelling of an antibody combining site free and bound to its antigen, the toxin alpha

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