Participation au projet de séquençage du génome de Bacillus subtilis 168 : séquençage et analyse d'une région chromosomique de 11 kb

par Veronica de La Fuente

Thèse de doctorat en Biomembranes

Sous la direction de Frederik KUNST.

Soutenue en 1995

à Poitiers .

mots clés

• Protéines bactériennes
• Protéines membranaires
• Enzymes -- Métabolisme

Résumé

Dans le cadre du projet international de sequencage du genome de bacillus subtilis, la region sur la carte genetique comprise entre 314 (gerb) et 333 (sacxy) a ete attribuee a l'institut pasteur. Dans un premier temps, nous avons utilise la technique de marche sur le chromosome et deux segments d'adn adjacents a une region comprenant le locus spoof, ont ete clones chez escherichia coli. Puis, nous avons applique une methode permettant de fragmenter, de facon aleatoire, un des segments d'adn et la collection de sous-fragments a ete sequencee suivant la technique decrite par sanger. L'analyse de la sequence nucleotidique ainsi obtenue a conduit a l'identification de dix phases ouvertes de lecture (orfs), dans cette region. Les sequences proteiques deduites ont ete comparees avec celles contenues dans les banques de donnees. Nous avons trouve que l'une de ces orfs presente des similitudes tres significatives avec des genes codant pour des abc-transporteurs et une autre est similaire a des genes eucaryotiques codant pour des acyl-coa deshydrogenases. Dans un deuxieme temps, nous avons effectue l'analyse fonctionnelle de certains genes presents dans la region sequencee de b. Subtilis. Nous avons montre que les genes sequences, lorsqu'ils sont deletes, ne sont pas essentiels pour la survie des bacteries. Le gene ebr, qui confere la resistance au bromure d'ethidium, etait localise au voisinage des genes de la region sequencee. Nous avons alors cherche a savoir si ce gene correspondait a celui de l'abc-transporteur. L'experience montre que le marqueur ebr n'est pas localise dans la region gerb-sacxy, comme l'indiquait la carte genetique, mais semble situe a 216 sur le chromosome de b. Subtilis. Enfin, une experience de fusion transcriptionnelle avec le gene presume de l'acyl-coa deshydrogenase a conduit aux observations suivantes: l'acide palmitique et l'acide stearique sont des acides gras capables d'activer l'expression du gene de l'acyl-coa deshydrogenase ; un phenomene de repression catabolique est observe lorsque le glucose est present dans le milieu. Nous avons identifie un site cre (catabolite-responsive element) probablement implique dans la repression catabolique du gene de b. Subtilis

Titre traduit

Contribution to the sequencing project of the bacillus subtilis 168 genome: sequencing and analysis of an 11 kb chromosomal region

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