Etude de la formation de deletions entre courtes sequences repetees dans un systeme plasmidique chez bacillus subtilis

par FREDERIC CHEDIN

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de E.-S. DUSKO.

Soutenue en 1995

à Paris 11 .

mots clés

Résumé

Les remaniements genomiques sont des phenomenes ubiquitaires aux consequences souvent deleteres pour les organismes les subissant. Ils resultent frequemment d'evenements de jonction de sequences d'adn ne presentant pas ou peu d'homologie: c'est le processus de recombinaison illegitime. Nous avons developpe chez la bacterie a gram positif bacillus subtilis, un systeme plasmidique permettant la selection de deletions issues d'evenements de recombinaison illegitime entre deux courtes sequences repetees. Grace a ce systeme, nous avons pu montrer que la frequence de deletion etait fortement dependante de la distance separant ces repetitions. Plus la distance entre les sequences repetees augmente, plus la frequence de deletion chute. Cet effet est particulierement marque lorsque de courtes regions separent les repetitions. Par ailleurs, nous avons montre que la transcription initiee entre les deux repetitions, inhibait de 10 fois la formation de deletion. Cependant, l'utilisation de plasmides a haut nombre de copies peut s'averer dangereuse pour ce type d'approches. En effet, nous avons observe que le nombre d'evenements de deletion detectes dans ce systeme plasmidique etait parfois tres inferieur au nombre d'evenements effectivement generes par le processus de recombinaison. Seule une fraction des molecules deletees apparait accessible, ce qui peut entrainer une sous-estimation importante des frequences. Des interactions entre les plasmides parentaux et les plasmides recombinants sont a l'origine de cette incapacite de detection. Nous proposons que ces phenomenes puissent etre generaux lors de l'utilisation de systemes plasmidiques, en particulier a haut nombre de copies. La nature exacte des interactions mises en jeu ainsi qu'une methode permettant de contourner ces problemes, sont discutes

Titre traduit

Deletion formation between short repeated sequences in a plasmid system in b. Subtilis

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