Analyse des sequences nucleiques par des methodes connexionnistes

par ERIC GRANJEON

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Philippe Tarroux.

Soutenue en 1995

à Paris 7 .

mots clés

Résumé

La premiere partie de ce travail a concerne l'elaboration d'une methode de detection des contraintes compositionnelles dans les sequences nucleiques (intron et exon). L'algorithme repose sur l'apprentissage d'exemples d'introns et d'exons par des reseaux de neurones. Nous avons realise cet apprentissage contre des sequences d'adn junk. Une phase de test a permis d'evaluer les possibilites de la methode a classer de nouveaux exemples les coefficients de correlation intron et exon etant de 0. 50 et 0. 64 pour le meilleur reseau mais aussi a detecter les positions des genes dans de grandes sequences obtenues par sequencage automatique. La seconde partie concerne l'application de cet outil pour la recherche de motifs communs dans des ensembles de sequences homologues. Nous avons ainsi decrit l'existence de structure appelee piege-a-intron dans les sequences nucleiques codantes. Elles correspondent aux sites d'insertion des introns chez les especes qui en possedent, ainsi qu'a la limite entre les domaines de la proteine codee

Titre traduit

Analysis of nucleic acid sequences using neural networks

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