Étude des régions intergéniques des opérons des ARN ribosomiques, chez les streptocoques, les lactocoques et les entérocoques, séquence de l'ARN ribosomique 23S d'un entérocoque du groupe faecium

Study of the ribosomal spacer regions of streptococci, lactococci and enterococci, sequence of the 23S ribosomal RNA of one enterococcal strain of the faecium group

• Auteur / Autrice : Afaf Naima
• Direction : Christiane Branlant
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie moléculaire
• Date : Soutenance en 1995
• Etablissement(s) : Nancy 1
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université Henri Poincaré Nancy 1. Faculté des sciences et techniques

Mots clés

Mots clés contrôlés

Opérons

ARN ribosomiques

Plasmides

Entérocoques

Mots clés libres

Streptococcus salivarius subsp. Thermophiles

Lactococcus lactis

Enterococcus faecium

RNA ribosomique

DNA ribosomique

Opéron

Organisation gène

Spacer DNA

Séquence nucléotide

Structure secondaire

Évolution moléculaire

Gène RRN

Résumé

Mon travail a porté sur les bactéries appartenant au genre streptococcus au sens large: lactocoques, streptocoques sensu stricto et entérocoques. Après un travail d'intérêt industriel, visant à caractériser une collection de souches industrielles, j'ai entrepris une étude approfondie des régions intergéniques 16S-23S et 23S-5S des opérons des ARN ribosomiques, chez les streptocoques. L’étude approfondie, menée sur les régions inter géniques 16S-23S et 23S-5S des streptocoques, montre que tous les streptocoques se caractérisent par la présence d'un seul gène d'ARNtala dans la région intergénique 16S-23S. Ce gène ne code pas pour le triplet CCA 3' terminal. Chez L. Lactis et S. Thermophilus, la même région intergénique 16S-23S est retrouvée dans tous les opérons RRN, chez les entérocoques, certains opérons portent une région inter génique 16S-23S dépourvue de gène d'ARNtala. Nous avons établi la séquence des régions inter géniques 16S-23S et 23S-5S pour toutes les espèces du groupe Ent. Faecium et pour Ent. Faecalis, ainsi que la région intergénique 16S-23S de S. Thermophilus. Ceci nous a permis de comparer l'ensemble des séquences inter géniques 16S-23S et 23S-5S connues de streptocoques et de construire pour toutes les espèces étudiées, un modèle de structure secondaire reflétant l'interaction entre ces deux régions intergéniques. Les deux régions intergéniques ont évolué par mutations ponctuelles, et par insertion et délétion de fragments formant des structures tige/boucle. Certaines de ces insertions/délétions correspondent à des remaniements anciens, d'autres à des remaniements récents comme l'insertion de 115 nucléotides, mise en évidence chez certaines souches d'Ent. Faecium