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Thèse soutenue

Polymorphisme génétique et phylogénie de bactéries du genre bifidobacterium : études du gène ribosomique 16s et de la séquence intergénique 16s-23s

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Auteur / Autrice : Nathalie Bourget
Direction : Bernard Decaris
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
Date : Soutenance en 1994
Etablissement(s) : Nancy 1
Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université Henri Poincaré Nancy 1. Faculté des sciences et techniques

Résumé

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Le polymorphisme génétique de bactéries du genre bifidobacterium a été mis en évidence par l'analyse des profils de restriction de l'ADN total des souches par des endonucléases à haute et basse fréquence de coupure. De plus, les expériences de PFGE ont permis d'estimer à 2,1 mb la taille du génome des souches de l'espèce b. Breve. Le ribotypage met en évidence un polymorphisme interspécifique aussi bien qu'intra-spécifique. Les séquences de l'ARN 16s (1450 pb) de cinq souches ont été comparées à celles disponibles dans les banques de données. L'arbre phylogénétique construit, montre que les bifidobactéries sont regroupées en six groupes monophylétiques. Les régions intergéniques 16s-23s (appelées ITS) de 29 souches appartenant à 19 espèces différentes du genre bifidobacterium ont été amplifiées par PCR puis séquencées. L'arbre phylogénétique basé sur l'analyse de ces régions confirme la topologie de celui obtenu avec les ARN 16s. L'analyse des séquences des ITS permet en outre la détermination des liens de parente entre souches proches, ce qui confirme les groupes taxinomiques établis sur des critères phénotypiques. La validité des espèces b. Adolescentis, b. Animalis, b. Bifidum, b. Breve a ainsi été reconnue, tandis que celle de l'espèce b. Infantis a été invalidée. De même, des erreurs de classification ont été mises en évidence. Ainsi, ce travail démontre que les ITS constituent un excellent outil pour la détermination des liens de parenté entre souches proches. De plus, l'utilisation simultanée des séquences des ARN 16s et des ITS permet la détermination des liens de parenté à différents niveaux taxinomiques