Diversité génétique de Beauveria brongniartii et détection par amplification génique de souches pathogènes du ver blanc Hoplochelus marginalis
par Cécile Neuvéglise
Thèse de doctorat en Sciences. Écologie microbienne
Sous la direction de Guy Riba.
Soutenue en 1994
à Lyon 1 .
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Résumé
Le genre beauveria (champignon deuteromycetes hyphomycetes) regroupe principalement des especes pathogenes d'insectes. A l'ile de la reunion, une souche de beauveria brongniartii (bt 96) est utilisee avec succes comme biopesticide (betel#) pour lutter contre le ver blanc hoplochelus marginalis, nouveau ravageur de la canne a sucre accidentellement introduit depuis madagascar. La caracterisation moleculaire de 57 souches de b. Brongniartii et de 2 souches de b. Bassiana d'origines biologique et geographique variees a ete realisee par amplification genique et digestions enzymatiques (pcr-rflp) dans la region des espaceurs transcrits de l'operon ribosomique (itss). Le polymorphisme observe a permis un regroupement specifique des souches pathogenes d'hoplochelus, confirmant d'un point de vue moleculaire l'hypothese de specificite d'hote dans le modele hoplochelus-b. Brongniartii. En outre, le sequencage des itss a revele une forte variabilite, puisque le pourcentage de divergence nucleotidique entre les souches de b. Brongniartii a atteint 16,67%, ce qui serait comparable a la variabilite entre souches de beauveria d'especes differentes. Une caracterisation plus fine des souches du pathotype hoplochelus, realisee par hybridation sur southern blot a mis en evidence une variabilite genetique importante au sein des souches malgaches et reunionnaises, revelant notamment un profil caracteristique de la souche bt96. Par ailleurs, une etude approfondie de l'operon ribosomique a permis de deceler dans les domaines d11 et d12 de la sous unite 28s plusieurs introns de groupe i. Cette etude, originale chez un champignon filamenteux, a montre que certains introns etaient caracteristiques du pathotype hoplochelus ; leur repartition variable selon les souches permettant d'identifier la souche bt 96. Une methode de detection a ete developpee, basee sur la specificite et la distribution des introns de groupe i, et sur la sensibilite de la technique d'amplification genique. Cette methode dont le seuil de detection a ete evalue a 10 pg d'adn pur, a ete adaptee a l'amplification directe sur mycelium apres chocs thermiques ou traitements aux micro-ondes. Cet outil de detection a ete utilise pour une analyse de la variabilite des populations reunionnaises de b. Brongniartii dans les cultures de canne a sucre. La presence a l'ile de la reunion d'au moins 17 souches differentes a ete demontree puis confirmee par hybridation sur southern blot ; certaines cohabitent dans un meme champ ou au niveau d'une meme souche de canne a sucre. L'ensemble des resultats ainsi recueillis demontre que l'outil mis au point est performant pour l'etude in situ de l'epidemiologie du champignon
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Titre traduit
Genetic diversity of beauveria brongniartii and detection by pcr amplification of strains pathogenous towards the white grub hoplochelus marginalis
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