Bases biométriques de l'estimation de la sensibilité bactérienne aux antibiotiques ou une heuristique de la comparaison des dynamiques de populations bactériennes

par Françoise Guerillot

Thèse de doctorat en Sciences

Sous la direction de Jean-Pierre Flandrois.

Soutenue en 1994

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Jean-Pierre Flandrois.

mots clés

• Antibiotiques
• Monte-Carlo, Méthode de
• Antibiothérapie
• Bacteries -- Croissance

Résumé

La determination de la sensibilite bacterienne aux antibiotiques est primordiale pour orienter une therapeutique. Notre travail consiste a preciser sur quels arguments les etudes de dynamiques de populations bacteriennes en presence d'antibiotiques peuvent conduire a definir la sensibilite bacterienne. La croissance bacterienne est suivie par une mesure sequentielle turbidimetrique toutes les 5 minutes. Une typologie des courbes de croissance par classification automatique montre que les modes de croissance dans un milieu donne sont independants de l'espece bacterienne et specifique d'une souche. Toute modification de croissance induite par un antibiotique est evaluee en comparant la courbe de croissance en presence d'antibiotique et la courbe de croissance temoin, sans antibiotique. Les vitesses de croissance sont estimees apres lissage des donnees par une fonction spline. L'ecart entre deux courbes de croissance est quantifie en evaluant le coefficient de regression orthogonale entre les vitesses de croissance. Les intervalles de confiance des coefficients de regression sont determines par une methode bootstrap. Il est alors possible d'interpreter les resultats a l'aide d'un test statistique simple. Une concentration minimale d'antibiotique qui induit une variation significative de la croissance est ainsi determinee dans le cas des antibiotiques qui modifient le taux de croissance. La mortalite bacterienne qui s'inscrit dans le cadre d'une determination precoce de la sensibilite bacterienne est egalement etudiee. L'utilisation des parametres d'un modele descriptif ajuste aux donnees cinetiques de mortalite parait inadaptee a la comparaison des effets bactericides. Nous mesurons l'effet bactericide apres un temps de traitement antibacterien par la probabilite de survie. La determination des intervalles de confiance sur ces mesures grace a des methodes de simulation permet de definir un test de comparaison des effets bactericides. Cette methode est appliquee a l'etude des associations d'antibiotiques. La notion de probabilite de survie permet ainsi de definir de facon rigoureuse les effets des associations

Titre traduit

Biometric basis for the evaluation of antimicrobial susceptibility to antibiotics or a heuristic for the comparison of bacterial population dynamics

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