ANTHEPROT, un logiciel d'analyse de séquences et de structures tridimensionnelles de protéines : application à la détermination de structure sous contraintes RMN

par Christophe Geourjon

Thèse de doctorat en Sciences. Biochimie

Sous la direction de Gilbert Deléage.

Soutenue en 1994

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Gilbert Deléage.

mots clés

• Protéines -- Analyse -- Logiciels
• Protéines -- Conformation -- Logiciels
• Protéines -- Relations structure-activité
• Répresseurs
• Opérons

Résumé

Une des etapes capitale de l'etude des relations structures-fonctions des proteines consiste a effectuer une analyse exhaustive des sequences proteiques afin d'en extraire le maximum d'information. Nous avons mis au point une nouvelle methode de prediction de la structure secondaire appelee sopm, pour self optimised prediction method qui est aujourd'hui une des plus performante (69%) pour 3 etats structuraux: helice, feuillet et regions aperiodiques). Cette methode associe etroitement recherche de proteines homologues, recherche de proteines appartenant a une meme classe structurale et auto-optimisation de la prediction. Nous avons developpe un logiciel graphique interactif d'analyse theorique de sequence de proteine sur station de travail ibm risc 6000, le logiciel antheprot. Ce logiciel rassemble un large eventail de methodes d'etudes des sequences de proteines: recherche de sites fonctionnels, recherche de proteines homologues dans les banques de sequences, techniques d'alignements multiples, etude de parametres physico-chimiques, prediction de structures secondaires. Le logiciel antheprot permet la visualisation et la manipulation de structures tridimensionnelles de macromolecules. Il possede les differents outils couramment utilises: modes de representations, selections, module de superposition, outils geometriques, visualisation de proprietes physico-chimiques, exploitation de resultats de dynamique moleculaire. Afin de repondre aux besoins specifiques de la modelisation moleculaire sous contraintes rmn, nous avons developpe a l'interieur d'antheprot un module rmn permettant une interface avec le logiciel x-plor. Ce module graphique et interactif permet une exploitation rapide des donnees issues de la rmn et de la modelisation. Cette strategie globale d'etude des relations structure-fonction, a ete utilisee dans le cadre du projet de caracterisation structurale et fonctionnelle du domaine de fixation a l'adn du represseur frur de l'operon ace d'escherichia coli. Ce domaine a ete surexprime et purifie a l'homogeneite, sa structure a ete determinee par modelisation moleculaire sous contraintes rmn en utilisant les logiciels x-plor et antheprot

Titre traduit

Antheprot: a software for proteins sequences and structures analysis. Application to three dimensional structure from nmr restraints

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