Diversité de populations naturelles de Frankia infectant les élaéagnacées : rôle des facteurs édaphiques

par Sophie Jamann

Thèse de doctorat en Sciences. Écologie microbienne

Sous la direction de André Moiroud et de Maria P Fernandez.

Soutenue en 1994

à Lyon 1 .

Le jury était composé de André Moiroud, Maria P Fernandez.

mots clés

• Frankia
• Éléagnacées
• Relations plante-microorganisme
• Sols -- Microbiologie
• Diversité bactérienne
• Variabilité génétique

Résumé

Frankia, symbiote fixateur d'azote, vit aussi dans les sols. L'analyse de populations naturelles a permis d'evaluer l'effet des facteurs edaphiques sur ce microorganisme. L'impact de l'eloignement geographique a ete etudie sur des isolats de 10 sites d'un vaste territoire francais. L'effet de facteurs physico-chimiques et surtout du ph, a ete analyse, sur 6 populations issues de sols tres differents (ph 3,6 a 8,0). L'utilisation de differentes especes d'elaeagnacees a permis d'apprehender egalement la selection par la plante. Des outils bases sur l'amplification genique ont ete developpes pour etudier ces grands echantillons. Les genes ribosomiques ont servi de cible pour detecter et quantifier les souches dans les sols. Le polymorphisme des genes nif d-k a permis de caracteriser les souches a partir de cultures ou, sans isolement, a partir de nodosites. Dans la region etudiee, une espece genomique domine laissant supposer l'absence d'une reelle speciation geographique des souches d'elaeagnacees en france. Toutefois, au niveau infraspecifique, l'existence de genotypes locaux pourrait etre la consequence de l'eloignement geographique des sites. L'effet des facteurs edaphiques sur les densites de population est plus important sur les populations infectieuses (quantifiees par piegeage) que sur les populations saprophytes (quantifiees par amplification). L'effet du sol sur la diversite genetique de frankia est tres marque; des populations piegees par des boutures de la meme plante sur des sols differents sont toujours significativement differentes. Des ph acides et les pratiques culturales reduiraient les niveaux de diversite. La selection exercee par des plantes-pieges differentes sur un meme sol n'est significative que si le niveau de diversite est suffisant. Les capacites d'infection et de fixation d'azote des souches varient egalement selon le ph du substrat. Le sol, et en particulier le ph, serait donc un facteur de selection des souches de frankia

Titre traduit

Diversity of natural populations of elaeagnaceae-infective frankia strains. Role of edaphic factors

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