Region 5 du genome du virus y de la pomme de terre : etude par sequencage de son polymorphisme et des motifs conserves. contribution a l'etude de la proteine p1

par VERONIQUE MARIE-JEANNE TORDO

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de Françoise Astier.

Soutenue en 1993

à Paris 11 .

mots clés

Résumé

Le virus y de la pomme de terre (pvy) est le membre type des potyvirus. Son genome est constitue d'un arn simple brin d'environ dix mille nucleotides. La region 5 non codante et le cistron codant pour la proteine p1 sont contigus et constituent un dixieme du genome viral. Nous avons clone ces deux regions pour huit souches de pvy d'origine geographique differente et presentant une gamme d'hotes et une symptomatologie variees. Afin d'etudier le polymorphisme et de reperer des motifs conserves importants au niveau de ces deux regions, nous avons sequence les huit souches au niveau de la region 5 non codante et cinq d'entre elles au niveau de la region codant pour la proteine p1. Nos sequences, jointes a quatre sequences publiees dans la litterature ont ete alignees avec le programme pile-up. Au niveau de la region 5 non codante, deux motifs ressortent qui pourraient etre fonctionnellement importants: uuuca et (caa)n. Par analogie avec leur role etabli dans d'autres genomes viraux, ces motifs pourraient intervenir dans l'initiation ou l'activite activatrice de la traduction. Le dendrogramme deduit de l'alignement multiple repartit les souches en trois groupes dont un se detache: il contient les souches necrogenes sur tubercules d'emergence recente ainsi qu'une souche non necrogene. Au niveau de la proteine p1 (proteine de point isoelectrique 10,9) nous avons identifie des motifs potentiellement impliques dans la liaison a l'arn. Afin de tester in vitro ces differents motifs nous avons clone et exprime la proteine p1 dans e. Coli. Cette expression nous a permis de preparer un serum contre la proteine p1. Le dendrogramme etabli sur le pourcentage de similarite en acides amines repartit les souches de la meme facon que precedemment

Titre traduit

5 region of potato virus y rna: study of its polymorphism and conserved motifs by sequencing. Contribution to the p1 protein study

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