Etude du role de l'utilisation des codons synonymes dans l'expression du gene ompa d'escherichia coli

par ATILIO DEANA

Thèse de doctorat en Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Sous la direction de C. Reiss.

Soutenue en 1993

à Paris 7 .

mots clés

Résumé

Le choix des codons synonymes majeurs chez e. Coli correspond a une forte expressivite des genes. Du fait de la forte correlation existant entre la frequence d'utilisation des codons et les concentrations des arnt et celles-ci et la vitesse de traduction, une hypothese d'optimisation de la croissance a ete formulee. Selon cette hypothese le choix des codons majeurs se fait pour assurer une meilleure fluidite de la traduction a des taux de croissance eleves. Cette these propose une interpretation alternative, a savoir, que la strategie d'utilisation des codons majeurs dans les genes fortement exprimes assure un trafic dense de ribosomes qui protege l'arnm de l'action des rnases, les arnm abondants seront aussi stables. La strategie serait donc individuelle pour chaque gene. Le gene ompa d'escherichia coli (fortement exprime) a ete pris comme modele, trois series de mutants ont ete construites, dans lesquelles on a remplace quelques codons majeurs par leurs synonymes mineurs. On observe dans tous les cas une diminution de la demi-vie et du niveau d'arnm, et dans un des mutants on a mis en evidence un phenomene de polarite transcriptionnelle du au decouplage introduit entre la transcription et la traduction

Titre traduit

A study of the synonymous codon usage in ompa gene expresion in escherichia coli

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