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Thèse soutenue

Reconstruction et visualisation de surfaces et de volumes en microscopie électronique à transmission et en microscopie confocale

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Auteur / Autrice : Philippe Gremillet
Direction : Michel Jourlin
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Informatique, analyse et traitement d'images
Date : Soutenance en 1992
Etablissement(s) : Saint-Etienne

Résumé

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Dans le premier chapitre est effectué un bref historique relatant les travaux préliminaires réalisés lors du DEA, concernant la faisabilité d'une reconstruction 3D en microscopie électronique. Cette reconstruction implique la prise en compte des déformations géométriques dues à la découpe, ainsi que des variations d'éclairement. Dans le deuxième chapitre sont présentées les techniques mises en oeuvre afin de pouvoir corriger les déformations tant géométriques que d'éclairement. Les déformations géométriques sont gérées par un marquage externe à l'aide de tirs lasers préalablement à la découpe. Les variations d'éclairement sont stabilisées à l'aide de l'outil LIP (logarithmic image processing). Des techniques de visualisation en bloc de l'objet 3D reconstruit sont proposées. Le troisième chapitre présente des techniques de saisie et de visualisation de surfaces en microscopie confocale. Plusieurs types de visualisation sont proposés. Le quatrième chapitre traite du problème de visualisation d'objets marqués à l'aide d'une substance fluorescente, toujours en microscopie confocale. Une technique de visualisation de l'objet en semi-transparence est proposée, ainsi que la fusion de cette information avec des coupes opaques dans l'objet. Le dernier chapitre traite de la visualisation de l'enveloppe d'un objet, après contournage manuel coupe après coupe. Un algorithme de mise en correspondance des contours d'une coupe sur l'autre amenant une facettisation de l'enveloppe est présenté. Une visualisation lissée de l'enveloppe est proposée, conjointement à celle de coupes quelconques traversant le bloc