Application d'une représentation par objets des connaissances à la modélisation de certains aspects de l'expression des gènes chez Escherichia coli

par Guy Perrière

Thèse de doctorat en Sciences. Biométrie

Sous la direction de Christian Gautier.

Soutenue en 1992

à Lyon 1 .

Le jury était composé de Christian Gautier.

mots clés

• Escherichia coli
• Expression génique
• Séquence nucléotidique
• Banques de gènes

Résumé

L'objectif de ce travail a ete la construction d'un systeme permettant de modeliser, puis d'etudier les relations existant entre sequences genomiques et expressivite chez la bacterie escherichia coli. Pour commencer, nous presentons la problematique biologique abordee, a savoir les principaux mecanismes intervenant dans la regulation de l'expression des genes procaryotiques. Par la suite, sont presentees differentes collections generalistes ou specialisees de sequences biologiques, ainsi que les modeles de structuration de l'information utilises pour organiser ces collections. Notre systeme de nom coligene a, pour sa part, ete developpe en utilisant un modele de representation des connaissances par objets: le systeme shirka. Nous detaillons donc les differentes etapes de la construction de la base, ainsi que les developpements qui ont ete effectues pour etablir un environnement informatique permettant a la fois de representer les structures biologiques d'escherichia coli, et d'aider a l'analyse des sequences de cet organisme. Les resultats biologiques que nous avons obtenus sont ensuite exposes. Il nous a ainsi ete possible d'etudier les liens existant entre composition en bases au niveau des sites d'initiation de la traduction et expressivite des genes proteiques. Nous avons egalement effectue des expertises sur des sequences nouvellement obtenues d'escherichia coli mais aussi de corynebacterium glutamicum. Enfin, une analyse sur les relations existant entre composition en codons etudiee au moyen de l'analyse factorielle des correspondances et expressivite, est presentee. Pour terminer, nous discutons de la methodologie d'utilisation d'une representation par objets des connaissances en biologie moleculaire, ceci en insistant plus particulierement sur les apports effectues par ce modele

Titre traduit

Application of a knowledge representation based upon objects to the modelling of some aspects of escherichia coli gene expression

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