Spécification et implantation d'une base de données des contacts intermoléculaires

Specification and implementation of a database for intermolecular contacts

• Auteur / Autrice : Michèle Treger
• Direction : Jean-François Dufourd
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 1991
• Etablissement(s) : Strasbourg 1

Mots clés

Mots clés libres

Sciences biologiques fondamentales et appliquees, psychologie

Biophysique moleculaire

Specifications formelles

Base de donnees relationnelle

Graphe

Hypergraphe

Automate

Interactions intermoleculaires

Regions de contact

Modelisation moleculaire

Résumé

Nous avons specifie et implante une base de donnees relationnelle des contacts inter et intramoleculaires dans les cristaux de macromolecules biologiques, calcules a partir des donnees contenues dans la protein data bank. Nous avons modelise les regions de contact, les interactions entre regions et les interactions entre atomes par des objets mathematiques, ce qui a permis d'obtenir une definition precise des regions, avec une preuve d'existence et d'unicite. Des specifications ont ete ecrites a plusieurs niveaux (algebriques, par pre- et post-conditions) jusqu'a la programmation. La base de donnees que nous avons creee, les programmes de mises a jour et de traitements des donnees que nous avons developpes constituent un outil d'investigation pour une etude systematique des regions de contact et permettent leur representation tridimensionnelle sur ecran graphique