Modelisation moleculaire et rmn : recherche de structures et etude de la dynamique de catenates et catenands

par LONG-HA BACH

Thèse de doctorat en Physique

Sous la direction de Jean-Pierre Kintzinger.

Soutenue en 1989

à l'Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008) .

mots clés

Résumé

Ce travail de modelisation moleculaire a pour but de tester et developper des methodologies infographiques et de simulation sur ordinateur permettant de determiner des structures de catenands et catenantes compatibles avec la rmn en solution. Nous avons modelise les catenates-30, -27 et le catenand-30, molecules synthetiques telles que deux unites macrocycliques sont entrelacees. Pour cela des simulations de dynamique moleculaire sans contrainte a 300#ok suivies de recuit simule partant de dynamique a 2000#ok ont ete effectuees. Une analyse conformationnelle detaillee des structures issues de ces simulations a ete realisee en recherchant celles compatibles instantanement avec la rmn. Nous mettons en evidence des comportements dynamiques differents des catenates -30 et -27, lies a la taille des unites macrocycliques constitutives. D'autres composes apparentes aux catenates complexes nud, catenate et monomere ont ete etudies de meme par dynamique et mecanique moleculaire et compares entre eux. Au point de vue methodologique, nous mettons en evidence les possibilites qu'offre la dynamique moleculaire pour explorer un espace conformationnel, mais aussi les difficultes d'integrer des contraintes issues en moyenne de la rmn dans les structures instantanes

Titre traduit

Molecular modeling and nmr: determination of conformations and dynamic studies of catenands and catenates in solution

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