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Philippe Lopez a dirigé les 7 thèses suivantes :

Réseaux de communication au sein de communautés microbiennes environnementales

par Charles Bernard sous la direction de Philippe Lopez , Éric Bapteste et de Yanyan Li . - Sorbonne université

Bioinformatique évolutive

Soutenue le 20-01-2022

Recherche de séquences environnementales inconnues d’intérêt médical/biologique par l’utilisation de grands réseaux de similarité de séquences

par Romain Lannes sous la direction de Éric Bapteste et de Philippe Lopez . - Sorbonne université

Biologie évolutive

Soutenue le 19-11-2019

Etude de l'impact d'un changement de régime alimentaire sur le microbiome intestinal de Podarcis sicula

par Chloé Vigliotti sous la direction de Éric Bapteste , Anthony Herrel et de Philippe Lopez . - Paris, Muséum national d'histoire naturelle

Sciences de la vie et de la santé

Soutenue le 20-11-2017

Study of modularity in molecular, morphological and linguistic evolution using networks methods

par Jananan Pathmanathan sous la direction de Éric Bapteste et de Philippe Lopez . - Paris 6

Biologie évolutive

Soutenue le 23-10-2017

Étude des processus introgressifs en évolution par des méthodes de réseaux

par Raphaël Méheust sous la direction de Éric Bapteste et de Philippe Lopez . - Paris 6

Biologie Evolutive

Soutenue le 09-12-2016

Étude de l'évolution combinatoire des gènes par l'analyse de réseaux de similarité de séquence

par Pierre-Alain Jachiet sous la direction de Éric Bapteste et de Philippe Lopez . - Paris 6

Biologie évolutive

Soutenue le 02-07-2014

Métagénomique intégrative : étude de la diversité génétique par des méthodes de réseaux de similarité de séquence et application au microbiome intestinal humain

par Cédric Bicep sous la direction de Éric Bapteste et de Philippe Lopez . - Paris 6

Biologie Evolutive

Soutenue en 2013

Philippe Lopez a été président de jury des 2 thèses suivantes :

Evolutionary genomics of conjugative elements and integrons

par Jean Cury sous la direction de Eduardo Pimentel Cachapuz Rocha - Sorbonne Paris Cité

Bioinformatique, biologie structurale et génomique

Soutenue le 17-11-2017

Evolutionary insights into the host--specific adaptation and pathogenesis of group B Streptococcus

par Alexandre Miguel Santos Almeida sous la direction de Philippe Glaser - Paris 6

Microbiologie

Soutenue le 31-03-2017

Philippe Lopez a été rapporteur des 3 thèses suivantes :

Génétique, génomique et histoire évolutive d'Hermetia illucens

par Joseph Guilliet sous la direction de Jonathan Filée - université Paris-Saclay

Génétique

Soutenue le 17-11-2022

Conceptualisation et exploitation d’un graphe de pangénome partitionné comme représentation compacte de la diversité du répertoire génique des espèces procaryotes

par Guillaume Gautreau sous la direction de Claudine Médigue et de David Vallenet . - université Paris-Saclay

Sciences de la vie et de la santé

Soutenue le 27-02-2020

Apport de la phylogénomique pour l’étude des interactions moléculaires entre Henipavirus et leurs réservoirs : les chauves-souris du genre Pteropus

par Julien Fouret sous la direction de Branka Horvat et de Catherine Legras . - Lyon

Sciences de la Vie

Soutenue le 14-12-2018

Philippe Lopez a été membre de jury des 2 thèses suivantes :

Towards a genome-scale coevolutionary analysis

par Giancarlo Croce sous la direction de Martin Weigt et de Olivier Tenaillon . - Sorbonne université

Informatique

Soutenue le 22-11-2019

Origins and early evolution of photosynthetic eukaryotes

par Rafael Isaac Ponce Toledo sous la direction de David Moreira - Université Paris-Saclay (ComUE)

Sciences de la vie et de la santé

Soutenue le 05-03-2018