ADN SIP  Agriculture de conservation  Agrobacterium  Alimentation occidentale  Amplicon barcoding  Amplification génique  Animaux -- Comportement alimentaire  Apprentissage automatique  Apprentissage automatique explicable  Arabidopsis thaliana  Assemblage  Barcoding  Bioaérosols  Bioaérosols  Biocontrôle  Biodiversité  Bioinformatique  Changement global  Changements climatiques  Colza  Communautés fongiques  Communautés microbiennes  Comportement alimentaire  Conjugaison bactérienne  Coût-efficacité  Croissance  Cross-Feeding  Dispersion  Medicago  Medicago truncatula  Microbiote  Microflore  Métabarcoding  Métagénomique  Rhizosphère  Écologie microbienne  

Christophe Mougel a rédigé la thèse suivante :

Structure génétique des populations d'Agrobacterium spp : effet sélectif de la plante et implication dans la diffusion conjugative du plasmide Ti

par Christophe Mougel sous la direction de Xavier Nesme - Lyon 1

Sciences

Soutenue en 2000

Christophe Mougel a dirigé les 5 thèses suivantes :

Contribution à l'analyse des interactions tripartites entre Brassica napus, Delia radicum et leur microbiote

par Morgane Ourry sous la direction de Christophe Mougel et de Anne-Marie Cortesero . - Rennes, Agrocampus Ouest

Écologie et évolution

Soutenue le 20-12-2019

Développement et applications d'outils d'analyse métagénomique des communautés microbiennes associées aux insectes

par Cervin Guyomar sous la direction de Jean-Christophe Simon , Claire Lemaitre et de Christophe Mougel . - Rennes 1

Génétique, génomique et bioinformatique

Soutenue le 07-12-2018

Etude des interactions plantes-microbes et microbes-microbes au sein de la rhizosphère, sous un aspect coûts-bénéfices, dans un contexte de variation environnementale

par Clémentine Lepinay sous la direction de Christophe Mougel et de Christophe Salon . - Dijon

Sciences de la vie

Soutenue le 15-05-2013

Etude de l'interaction plante-communautés microbiennes de la rhizosphère chez l'espèce modèle Medicago truncatula par une approche multidisciplinaire : contribution à la réflexion sur le pilotage des interactions par la plante

par Anouk Zancarini sous la direction de Nathalie Munier-Jolain , Christophe Mougel et de Christophe Salon . - Dijon

Sciences de la Terre

Soutenue le 25-06-2012

Effet de la mycorhization sur la structure génétique et fonctionnelle des communautés bactériennes dans la rhizosphère de Medicago truncatula

par Pierre Offre sous la direction de Philippe Lemanceau et de Christophe Mougel . - Dijon

Écologie microbienne

Soutenue en 2007

Christophe Mougel a été président de jury de la thèse suivante :

Etude de la relation entre le microbiote intestinal et le comportement alimentaire chez le rongeur soumis à un régime obésogène

par Mélanie Fouesnard sous la direction de Gaëlle Boudry et de Véronique Douard . - Rennes 1

Nutrition et pathologies métaboliques

Soutenue le 18-05-2021

Christophe Mougel a été rapporteur des 4 thèses suivantes :

Automatic learning of interaction networks from next-generation sequence data

par Didac Barroso Bergadà sous la direction de David Bohan - Bourgogne Franche-Comté

Biologie des populations et écologie

Soutenue le 08-12-2022

Le microbiote associé aux racines de riz dans un contexte d’infection par des nématodes phytoparasites : une approche écologique d'un système plante-pathogène

par Anne-Sophie Masson sous la direction de Stéphane Bellafiore - Montpellier

Mécanismes des Interactions parasitaires pathogènes et symbiotiques

Soutenue le 16-12-2021

Comparaison et évaluation d’approches bioinformatiques et statistiques pour l'analyse du pathobiome des plantes cultivées

par Charlie Pauvert sous la direction de Corinne Vacher et de Jessica Vallance . - Bordeaux

Écologie évolutive, fonctionnelle et des communautés

Soutenue le 12-11-2019

Effet du paysage sur la structure des communautés fongiques foliaires

par Thomas Fort sous la direction de Cécile Robin et de Corinne Vacher . - Bordeaux

Ecologie évolutive, fonctionnelle et des communautés

Soutenue le 22-11-2016

Christophe Mougel a été membre de jury des 2 thèses suivantes :

Développement et application de méthodes pour l'analyse de la composition du microbiote humain dans un contexte clinique en utilisant des stratégies de séquençage alternatives

par Benoît Goutorbe sous la direction de Sophie Schbath , Ghislain Bidaut et de Philippe Halfon . - université Paris-Saclay

Sciences de la vie et de la santé

Soutenue le 21-10-2022

Genome-scale modeling, prediction and experimental testing of cross-feeding interactions within the root microbiota of Arabidopsis thaliana : a microbial system ecology framework

par Victor Mataigne sous la direction de Philippe Vandenkoornhuyse et de Stéphane Hacquard . - Rennes 1

Écologie, évolution

Soutenue le 08-12-2021