Caractérisation de Pseudomonas syringae pv. actinidiae l’agent responsable de l’émergence d’une épidémie de chancre bactérien du kiwi en France et description de Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum, agent causal de taches foliaires sur kiwi.

par Amandine Cunty

Thèse de doctorat en Physiologie, biologie des organismes, populations, interactions

Sous la direction de Charles Manceau.

Thèses en préparation à Angers , dans le cadre de École doctorale Végétal-Environnement-Nutrition-Agro-Alimentaire-Mer (Angers) , en partenariat avec Institut de recherche en horticulture et semences (UMR_A 1345) (laboratoire) depuis le 24-09-2012 .


  • Résumé

    La bactérie responsable de chancre sur bois, Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa), a causé trois épidémies depuis les années 1980 et se décline en trois biovars. La plus récente et dévastatrice (causée par Psa biovar 3), a été détectée pour la première fois en 2008 en Italie et s’est rapidement répandue dans la majorité des pays producteurs de kiwi, dont en France en 2010. Nous avons analysé la diversité de 280 souches de P. syringae isolées de kiwi en France. La caractérisation biologique et l’analyse phylogénétique des souches par MLSA ont révélé que les biovars 1, 2 et 3 appartenaient à une même lignée génétique, groupant également P. s. pv. theae. Les souches de biovar 4 constituent un ensemble de 4 lignées génétiques distinctes qui ont été rassemblées au sein d’un nouveau pathovar (Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum (Psaf)). Ces souches sont caractérisées par une pathogénie réduite (taches foliaires mais pas de chancre). Cette nouvelle classification permet une meilleure gestion des épidémies de chancre bactérien du kiwi. Le développement d’un schéma MLVA composé de 11 VNTRs a permis d’étudier la structuration génétique de populations de Psa biovar 3, de révéler de la diversité au sein de ce pathovar et d’identifier l’origine italienne de l’épidémie en France. Le séquençage du génome de cinq souches de Psaf et la comparaison de ces séquences avec celles d’autres génomes de Psa et Psaf, disponibles sur NCBI, a permis le développement d’un nouvel outil de détection par PCR temps réel, plus spécifique de chaque biovar de Psa et de Psaf. La MLVA et la PCR temps réel développées ici contribueront à l’amélioration de la surveillance de Psa dans le monde.

  • Titre traduit

    Characterization of Pseudomonas syringae pv. actinidiae the ca sal agent of a kiwifruit bacterial canker epidemic in France and description of Pseudomonas syringae pv. actinidifoliorum the causal agent of leaf spots on kiwifruit.


  • Résumé

    The causal agent of bacterial canker, syringae pv. actinidiae (Psa three epidemics since 1980’s. biovars. The most recent and severe outbreak by Psa biovar 3) was detected for the first time in Italy in 2008. It has spread very quickly in the main kiwifruit producing countries, as in France in 2010. We analyzed the diversity of 280 strains of kiwifruit in France. The biological characterization and the phylogenetic analysis of the strains by MLSA revealed that the biovars 1, 2 and 3 belong to the same genetic lineage, which include The biovar 4 strains, which genetic lineages, have been grouped in a new pathovar (Pseudomonas syringae These strains are characterized by a low virulence (only spots on leaves and no ca classification help with the management of the bacterial kiwifruit canker outbreaks. The development of an MLVA scheme composed of 11 VNTRs allowed to study the genetic structuration of reveal the diversity within this pathovar and to identify the Italian origin of the epidemic in France. The genome sequencing of five Psaf between these sequences and those of genomes already available on NCBI, allowed the development of a new detection tool by real specific of each Psa biovar and of the real-time PCR based detection technique developed here will contribute to the improvement of the monitoring of kiwifruit bacterial canker around the world