Méthodes d’ensemble pour l’inférence de réseaux de régulation coopératifs.

par Inès Chebil

Doctoral thesis in Informatique

Under the supervision of Céline Rouveirol.

Ongoing thesis at Paris 13 , under the authority of Ecole doctorale galilée since 25-11-2010 .


  • Abstract

    La reconstruction des réseaux de régulation génétique (GRNs) est une étape importante pour la compréhension des mécanismes de régulation complexes régissant le fonctionnement de la cellule. De nombreuses approches de modélisation ont été introduites pour inférer le lien de causalité entre les gênes à l'aide des données d'expression génétiques. Cependant, les performances de ces approches sont limitées principalement a causé a des données de grande dimension. En plus, ces méthodes ne restent pas généralement la réalité biologique ou l'interaction entre gêne est réalisée d'une manière coopérative mais considèrent un modèle plus simple ou seules les interactions binaires sont considérées. Dans cette thèse, nous présentons de nouvelles méthodes d'inférence de GRN coopératifs afin améliorer la stabilité et la précision de la reconstruction des GRN en utilisant des techniques d'ensemble. Pour un gêne cible donne, nous extrayons un ensemble de GRNs coopératifs a partir de données discrétisées d'expression. Les GRNs ainsi que les interactions génétiques infères sont classes selon leur importance en utilisant la régression linéaire sur la base des données d'expression continues. Les évaluations menées sur les données du challenge Dream5 et sur des données humaines de cancer de la vessie démontrent que nos méthodes sont efficaces, tout particulièrement si la taille des données d'apprentissage est petite.


  • Abstract not available