Caractérisation de la biodiversité des post-larves ichtyques du littoral corse pour la gestion du milieu et des ressources halieutiques

Characterization of the biodiversity of post-fish-bearing larvae on the Corsican coast for the management of the fisheries resource environment

• Auteur / Autrice : Laure-Hélène Garsi
• Direction : Vanina Pasqualini, Sylvia Agostini
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Physiologie et biologie des organismes - populations – interactions
• Date : Soutenance le 18/12/2017
• Etablissement(s) : Corte
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Environnement et sociéte (Corte ; 2000-....)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Université de Corse (1975-....). UMR CNRS 6134 "Sciences pour l'Environnement" (SPE) - UMR 6134 SPE
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : José Antonio Garcia-Charton, Matteo Murenu, Paul-Antoine Bisgambiglia, Philippe Lenfant, Sonia Ternengo
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : José Antonio Garcia-Charton, Matteo Murenu

Mots clés

Mots clés contrôlés

Corse (France)

Pêches -- Gestion

Biodiversité aquatique

Mots clés libres

Post-Larves ichtyques

Identification

Assemblage spécifique

Relations trophiques

Méditerranée

Fishes post-Larvae

Identification

Species assemblages

Trophic relations

Mediterranean Sea

Résumé

Ce travail de thèse s’inscrit dans le cadre de deux programmes de recherche à financements européens: le Life+ SUBLIMO(Life10 NAT/FR/000200) vise à analyser, suivre et restaurer la biodiversité marine en Méditerranée et Ressources Halieutiques/Post-larves(75/SAEU/FEDER/RD-34 448)quia pour objectif d'évaluer les impacts de certains facteurs environnementaux sur cette biodiversité. Dans le cadre de ces travaux, nous avonsdéveloppéune nouvelle méthode d’identification (APLIM: Alive Post Larvae Identification Method)permettant d’aller jusqu'à la détermination desespèces pour les post-larvesde poissons, ce qui est novateurpour les taxons méditerranéens. Cette méthode regroupe différents outils: collecte de post-larvesvivantes, mise en bassin d’élevage, suivis photographiques, définition descaractèresméristiques, morphologiques et pigmentaires. Laméthode fournitles fiches de 80 espèces identifiées au stade post-larvaire, valorisées par la publication d'un Atlas regroupant ces fiches.Cet Atlaspermet ainsi d’apporter de nouvelles connaissances,essentiellement au niveau des techniques de pêche, d’identification mais également d’élevage en bassinsaquacoles, qui seront utiles aux professionnels de la mer (pêcheurs, aquaculteurs, gestionnaires) pour la gestion durable des ressources halieutiques et le maintien de la biodiversité marine. Ce guide vise à être un outil pour une meilleure gestion des futurs stocks halieutiques. Les assemblages spécifiques de biodiversité post-larvairesnous indiquentles espèces les plus contributives pourchaque site. Par ailleurs,nous avons remarquéla présence ubiquiste de Mullus surmuletus.Des variations spatio-temporelles ont mis en exerguedesdifférences entre la zone continentaleet la zone corse, mais également une saisonnalité marquée,surtout en été, grâce notamment à l’élaboration des calendriers d’arrivées des individussur les littoraux. Cependant, la déterminationdes habitats d’installation préférentiels en zone côtière demeure complexe et les mécanismes qui la régissentrestent encore à définir.Nous avons pu observer une succession trophique des troiscompartiments décrits (phytoplancton, zooplanctonetpost-larves).Par la suite, nous avonstestéles interactions entre ces différents compartiments et déterminéles relations proies/prédateurs possibles entre les groupes caractérisés. Les analyses par ADN barcodingdes contenus stomacaux desfamilles principalement rencontréesont permis de déterminer les différents régimes alimentairesdes post-larves de poissons côtiers.Les paramètres environnementaux qui semblent le plus influencer les arrivées sur les côtes corses sont la température, les vents et les courants côtiers.

This thesis work is part of two European-funded research programs: the Life+ SUBLIMO(Life10 NAT/FR/000200), which aims to analyze, monitor and restore marine biodiversity in the Mediterranean and Fisheries Resources/Post-larvae(75/SAEU/FEDER/RD-34448), which aims to evaluate the impacts of some environmental factors on this biodiversity. In our study, we have developed a new identification method (APLIM: Alive Post Larvae Identification Method), which allows thedetermination of fishes post-larvaespecies, which is innovativefor Mediterranean taxa. This method brings different tools: captureof alive post-larvae, breedingintanks, photographic monitoring, and definition of meristic, morphological and pigmentary characteristics.Themethod providesdataabout80 species identified at post-larval stage, valued by the realization of an atlas grouping these informations. This atlas provides new knowledge, mainly in terms of fishing techniques, identification but also inaquaculture, which will be useful to marine professionals (fishermen, fish farmers, environmental manager) for sustainable management of fisheries resources and preservationof marine biodiversity. This guide aims to be a tool for improvedmanagement of future fish stocks. Specific post-larval assemblages of biodiversity show us the most contributing species for each studied site. In addition,we have noticed the ubiquitous presence of Mullus surmuletus. Spatial and temporal variations have highlighted differences between the continental and the Corsicanzones, but also a marked seasonality, especially in summer, through the elaboration of arrival calendarsfor individuals on coasts. However, the determination of preferred settlement habitats in coastal areas remains complicatedand the mechanisms that controlthem needto be defined.We observeda trophic succession of the three described compartments (phytoplankton, zooplanktonandpost-larvae). Then,we tested the interactions between these different compartments and determined the possible prey/predator relationships between the characterized groups. Barcoding DNA analyses of stomachcontents of mainly encountered families have made it possible to determine the different diets of coastalfishpost-larvae. Environmental parameters that seem to have the mostinfluence on arrivals on the Corsican coasts are temperature, winds and coastal currents.