Contribution de l'anthropologie biologique à l'étude de la peste justinienne : du diagnostic rétrospectif à la caractérisation des facteurs influant sur la mortalité

par Marion Holleville

Projet de thèse en Anthropologie biologique

Sous la direction de Sacha Kacki et de Marie-France Deguilloux.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale Sciences et Environnements , en partenariat avec De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement, Anthropologie (laboratoire) et de Archéologie de la mort, des rites et des symboles (equipe de recherche) depuis le 28-09-2020 .


  • Résumé

    Au cours des deux dernières décennies, de nombreux travaux anthropologiques ont été menés sur les épidémies de la fin du Moyen Âge et de l'époque moderne, notamment sur la deuxième pandémie de peste (XIVe-XVIIIe siècles de notre ère). Les épidémies antérieures demeurent, pour leur part, encore mal connues, et peu de travaux ont été menées sur leurs témoins archéologiques. Ce projet doctoral vise à combler cette lacune, a travers l'étude de plusieurs séries ostéoarchéologiques issues de sites funéraires français en lien avec la première pandémie de peste (dite peste justinienne, milieu du VIe au milieu du VIIIe siècle de notre ère). Elle allie une étude anthropologique et paléopathologique des vestiges squelettiques de victimes de cette épidémie et la réalisation d'analyses archéogénétiques, avec pour triple finalité de caractériser les spécificités démographiques de la mortalité par peste, d'évaluer l'état de santé préexistant des populations affectées et d'identifier l'agent pathogène incriminé. Le premier volet de l'étude consiste à l'analyse anthropobiologique de trois séries ostéologiques dont le lien avec la peste justienne est avéré ou fortement suspecté. Les estimations d'âge et de sexe servirent à construire des profils de mortalité et à calculer différents indices démographiques, qui sont ensuite comparés à un modèle de mortalité naturelle, fondé sur des tables types représentatives des populations archaïques. Des confrontations inter-sites sont également réalisées afin de préciser si tous les sites étudiés présentent ou non une signature démographique commune. En parallèle, un examen macroscopique systématique des vestiges squelettiques est entrepris afin de rechercher la présence éventuelle de différents indicateurs osseux et dentaires témoignant de stress biologiques ou de maladies. Le même protocole est appliqué à des sites funéraires de comparaison, constitués hors contexte épidémique, afin d'évaluer si l'impact éventuel de l'état de santé préexistant sur le risque de mourir de la peste justinienne. Le second volet de l'étude consiste en une analyse archéogénétique d'échantillons de pulpe dentaire provenant de sites dont la relation avec la peste n'est à ce jour que suspectée. À cette fin, nous collectons des vestiges dentaires lors de l'accès aux collections puis nous procédons aux analyses paléogénomiques au sein de la plateforme paléogénétique de PACEA (extraction d'ADN à partir de la pulpe dentaire, construction de librairies, séquençage shotgun et analyses bioinformatiques) afin de rechercher des séquences d'ADN spécifiques à l'agent pathogène Yersinia pestis.

  • Titre traduit

    The contribution of biological anthropology to the study of Justinian plague: from retrospective diagnosis to the identification of factors influencing mortality


  • Résumé

    Over the past two decades, much anthropological work has been carried out on the epidemics of the late Middle Ages and modern times, especially the second plague pandemic (14th-18th centuries AD). Previous epidemics remain, for their part, still poorly understood, and little work has been carried out on their archaeological evidence. This doctoral project aims to fill this gap, through the study of several osteoarchaeological series from French funeral sites in connection with the first plague pandemic (known as the Justinian plague, mid-6th to mid-8th century AD). It combines an anthropological and paleopathological study of the skeletal remains of victims of this epidemic and the performance of archaeogenetic analyzes, with the threefold purpose of characterizing the demographic specificities of plague mortality, of assessing the pre-existing state of health of the affected populations. and identify the pathogen involved. The first part of the study will consist of an anthropobiological analysis of three osteological series, for which a link with the Justinian plague is recognized or strongly suspected. Age and sex estimates will be used to construct mortality profiles and to calculate demographic indices, which will be compared to a model of attritional mortality based on model life tables that are representative of mortality in pre-modern populations. Inter-site comparisons will be made to clarify whether or not the various sites under study share a common demographic composition. In addition, a macroscopic examination of the skeletal remains will be systematically carried out to assess the presence of skeletal and dental indicators of physiological stress and disease. For a comparison purpose, the same protocol will be applied to burial sites non-related to an epidemic, in order to assess the possible impact of pre-existing health status on the risk of dying from the Justinian plague. The second part of the study will consist of an archaeogenetic analysis of dental pulp samples from sites whose relationship to the Justinian plague has not yet been confirmed. To this end, the PhD candidate will collect dental remains in the skeletal series and conduct palaeogenomic analyses in the PACEA aDNA facilities (DNA isolation, libraries preparation, shotgun sequencing and bioinformatic analyses) to search for sequences that are specific to the Yersinia pestis pathogen. In parallel, a systematic macroscopic examination of the skeletal remains is undertaken in order to seek the possible presence of various bone and dental indicators testifying to biological stress or diseases. The same protocol is applied to comparison burial sites, set up outside an epidemic context, in order to assess whether the possible impact of the pre-existing state of health on the risk of dying from Justinian plague. The second part of the study consists of an archaeogenetic analysis of dental pulp samples from sites whose relationship to plague is only suspected to date. To this end, we collect dental remains when accessing the collections and then we carry out paleogenomic analyzes within the PACEA paleogenetic platform (extraction of DNA from dental pulp, construction of libraries, shotgun sequencing and analyzes bioinformatics) to search for DNA sequences specific to the pathogen Yersinia pestis.