Phylogénie profonde des archées et dynamique évolutive des DPANN

par Brittany Baker

Projet de thèse en Évolution

Sous la direction de David Moreira, Laura Eme et de Purificacion Lopez-garcia.

Thèses en préparation à université Paris-Saclay , dans le cadre de École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants , en partenariat avec Écologie, systématique et évolution (Orsay, Essonne ; 2002-....) (laboratoire) et de Faculté des sciences d'Orsay (référent) depuis le 01-03-2020 .


  • Résumé

    Au cours de dernières décennies, l'application de techniques moléculaires comme le métabarcoding et la métagénomique a conduit à la découverte d'une grande diversité d'archées, dont certaines définissent des nouveaux phylums. C'est le cas notamment des lignées classées dans le supergroupe DPANN. Ces archées montrent un taux d'évolution rapide et la perte de nombreux gènes, deux traits probablement liés à un mode de vie parasite. Ces caractéristiques rendent très difficile l'analyse de la phylogénie de ces organismes, dont la position dans l'arbre des archées reste incertaine. Une conséquence de ce problème est la difficulté à placer la racine de cet arbre. Dans ce projet de thèse, nous profiterons de l'accès à des nouvelles séquences génomiques d'archées DPANN diverses pour mener des analyses phylogénétiques et de génomique comparative afin de 1) retrouver la position phylogénétique de ces archées, 2) reconstruire l'histoire évolutive de leurs génomes (gain et perte de gènes), et 3) placer la racine de l'arbre des archées.

  • Titre traduit

    Deep archaeal phylogeny and evolutionary dynamics of DPANNs


  • Résumé

    During the last decades, the use of molecular approaches, such as metabarcoding and metagenomics, has led to the discovery of a large diversity of archaea, some of which even define new phyla. That is particularly the case for the lineages collectively classified within the supergroup DPANN. These archaea show a high evolutionary rate and their genomes appear to have lost many genes, two traits probably due to their presumed parasitic lifestyle. These characteristics make the phylogenetic analysis of this organisms very challenging and, as a result, their position in the tree of Archaea remains uncertain. Another consequence of this problem is the difficulty to infer the position of the root of the archaeal tree. In this project, we will take advantage of the availability of new genome sequences of DPANN archaea to carry out phylogenetic and comparative genomic analyses to 1) resolve the phylogenetic position of these archaea, 2) reconstruct the evolutionary history of their genomes (gene gains and losses), and 3) place the root of the archaeal tree.