ÉCHELLES DE TEMPS MULTIPLES DANS LES INTERACTIONS MICROBIENNES

par Thao Le

Projet de thèse en Mathématiques


Sous la direction de Boris Andreianov et de Sten Madec.

Thèses en préparation à Tours , dans le cadre de Mathématiques, Informatique, Physique Théorique et Ingénierie des Systèmes - MIPTIS , en partenariat avec IDP - Institut Denis Poisson (laboratoire) depuis le 23-10-2018 .


  • Résumé

    La dynamique de colonisation des écosystèmes microbiens multi-souches (p.e. la bactérie polymorphique S. pneumoniae) est un défi, malgré des technologies sophistiquées pour la compréhension de la diversité microbienne intra ou inter hôtes. Nous proposons d'étudier l'existence et les implications des multi-échelles temporelles dans les interactions microbiennes en appliquant des méthodes de mathématiques de réduction de modèle à des questions épidémiologiques et écologiques. Le but de la thèse est d'utiliser ces méthodes multi-échelles afin 1. d'établir un lien théorique robuste entre les formulation neutre et non-neutre pour la coexistence multi-souches ; 2. de classifier les différents scénarios épidémiologiques en fonction des interactions de co-colonisation 3. de mesurer quelles propriétés structurelles entre les souches conduit à la maintenance et à la stabilisation de la diversité. Le doctorant appliquera les méthodes mathématiques issues de la théorie des équation différentielles et des équations aux dérivées partielles ainsi que des simulations numériques.

  • Titre traduit

    MULTI TIMESCALES IN MICROBIAL INTERACTIONS


  • Résumé

    The colonization dynamics of multi-strain microbial ecosystems (e.g. the polymorphic bacterium S. pneumoniae) is a challenge, despite sophisticated technologies for understanding microbial diversity within or between hosts. We propose to study the existence and implications of multi-time scales in microbial interactions by applying mathematical methods of model reduction to epidemiological and ecological questions. The thesis aims to use these multi-scale methods to 1. to establish a robust theoretical link between the neutral and non-neutral formulation for multi-strain coexistence; 2. to classify the different epidemiological scenarios according to co-colonization interactions 3. to measure which structural properties between strains lead to the maintenance and stabilization of diversity. The doctoral student will apply mathematical methods from the theory of differential equations and partial differential equations as well as numerical simulations.