Description de l'espace conformationnel de peptides cycliques de la famille RGD par une approche inspirée de la robotique et par des simulations de dynamique moléculaire

par Maud Jusot

Thèse de doctorat en Physique

Sous la direction de Jacques Chomilier et de Juan Cortes.


  • Résumé

    Les petits peptides cycliques représentent une classe émergente et prometteuse de molécules thérapeutiques. Cependant le manque de connaissance de leur espace conformationnel rend difficile leur conception et la prédiction de leur structure. Afin de pouvoir améliorer les connaissances sur ces molécules aux propriétés uniques, nous avons voulu développer une approche alternative à celles existantes permettant la caractérisation la plus précise possible de leur espace conformationnel. Pour cela, nous avons développé une méthode EGSCyP, s'appuyant sur une représentation multi-niveaux du peptide : une représentation mécanique et l'utilisation d'algorithme issus du domaine de la robotique permettant une approche globale puis une amélioration de la précision en modèle tout atome. EGSCyP a été developpé pour gérer les résidus modifiés tels que les résidus de forme D et N-méthylés. Cette méthode a été comparée à des simulations de dynamique moléculaire par échange de répliques et des données expérimentales pour la valider. Elle a été appliquée à un ensemble de pentapeptides cycliques RGD dérivés de la Cilengitide, un anticancéreux. Notre approche a montré de bonnes performances notamment en ce qui concerne la complétude de l'espace conformationnel de ces peptides et a permis d'évaluer l'impact des modifications chimiques telles que les résidus en forme D ou N-méthylés sur ce paysage conformationnel.

  • Titre traduit

    Description of the conformational space of cyclic peptides from RGD family thanks to a robotics inspired approach and to molecular dynamics simulation


  • Résumé

    Abcd