Etude du microbiote urinaire et cancer de la vessie

Study of urinary microbiota and bladder cancer

• Auteur / Autrice : Abdourahamane Yacouba
• Direction : Jean-Christophe Lagier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie santé. Microbiologie
• Date : Soutenance le 30/06/2022
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Ecole Doctorale Sciences de la Vie et de la Santé (Marseille)
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Mephi (Marseille) - Méditerranée Infection
• Jury : Président / Présidente : Philippe Parola
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Michel Carles, Marie Kempf

Mots clés

Mots clés contrôlés

Veillonella

Lactobacillus

Tumeurs de la vessie urinaire

Microbiote

Métagénomique

Urine

Microscopie électronique

Mots clés libres

Microbiote urinaire

Cancer de la vessie

Uropathogènes

Bcg

Disparité des sexes

Culturomique

Métagénomique

Microscopie électronique à balayage

Urinary microbiota

Bladder cancer

Uropathogens

Bcg

Gender disparity

Culturomics

Metagenomics

Scanning electron microscope

Résumé

Des études récentes ont suggéré que le microbiote urinaire pourrait jouer un rôle important dans le développement, la progression ainsi que dans la survenue des récidives du cancer de la vessie. Cependant, les recherches sur le microbiote urinaire sont encore préliminaires et de nombreuses questions restent à élucider. Dans une revue systématique en considérant uniquement les taxa qui ont été rapportés dans au moins deux études différentes, nous avons observé que : (i) Dans le tissu vésical : Le genre Lactobacillus était enrichi dans les tissus non néoplasiques. (ii) Dans les urines obtenues par cathétérisme : Le genre Veillonella était enrichi dans le groupe cancer de la vessie. (iii) Dans les urines mictionnelles : Les genres Acinetobacter, Actinomyces, Aeromonas, Anaerococcus, Pseudomonas et Tepidomonas étaient enrichis dans le groupe cancer de la vessie. Dans une approche polyphasique, combinant la culturomique, la métagénomique 16S, et la PCR toutes mycobactéries, nous avons analysé 70 échantillons d’urines mictionnelles des patients présentant le cancer de la vessie et des sujets contrôles ; l’analyse par culturomique a révélé que les espèces Citrobacter freundii, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Bifidobacterium longum, Staphylococcus cohnii, et Staphylococcus simulans étaient prédominantes dans le groupe contrôle. L’analyse par métagénomique 16S a démontré que, le phylum de Proteobacteria et chez les femmes, le genre Escherichia – Shigella, étaient enrichis dans le groupe de contrôle. Nos résultats suggèrent que les uropathogènes pourraient jouer un rôle important dans la faible incidence de survenue du cancer de la vessie chez les sujets de sexe féminin.

Recent studies have suggested that the urinary microbiota may play an important role in the development, progression, and even recurrence of bladder cancer. However, research on the urinary microbiota is still preliminary and many questions remain to be answered. We observed in a systematic review considering only those taxa that were reported in at least two different studies that: (i) In bladder tissue: The genus Lactobacillus was enriched in non-neoplastic tissue compared to neoplastic tissue. (ii) In catheterized urine: The genus Veillonella was enriched in the bladder cancer group compared to the control. (iii) In voided urine: Acinetobacter, Actinomyces, Aeromonas, Anaerococcus, Pseudomonas and Tepidomonas were enriched in the bladder cancer group, while Lactobacillus, Roseomonas, Veillonella were enriched in the control group. In a polyphasic approach, combining culturomics, 16S metagenomics, and PCR targeted all mycobacteria, we analyzed 70 voiding urine samples from bladder cancer patients and control subjects; Culturomics analysis revealed that the species Citrobacter freundii, Enterococcus faecium, Escherichia coli, Bifidobacterium longum, Staphylococcus cohnii, and Staphylococcus simulans were predominant in the control group compared to the bladder cancer group. The 16S metagenomics analysis showed that the phylum of Proteobacteria and in women, the genus Escherichia - Shigella, were enriched in the control group. Our results suggest that uropathogens may play an important role in the low incidence of bladder cancer occurrence in female subjects.