Caractérisation des interactions entre les génomes viraux et le nucléole au cours l'infection virale

par Guillaume Beucher

Projet de thèse en Microbiologie - immunologie

Sous la direction de Fabienne Rayne.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale Sciences de la vie et de la santé , en partenariat avec Microbiologie fondamentale et Pathogénicité (laboratoire) et de Dynamique intracellulaire des structures sous virales (equipe de recherche) depuis le 01-10-2019 .


  • Résumé

    Le nucléole est un corps nucléaire qui joue un rôle majeur dans le cycle de réplication de nombreux virus et pourtant, très peu d'études ont été menées pour comprendre son rôle au cours d'infections virales naturelles, qu'elles soient aigües, chroniques ou latentes. De plus, la plupart de ces travaux a seulement examiné des interactions spécifiques avec des protéines virales individuelles. Une étude très récente a, à nouveau, montré l'importance de la réorganisation des nucléoles induite par les virus en examinant l'effet de l'infection virale sur le protéome nucléolaire. En utilisant une méthode de marquage direct de génomes viraux dans les cellules vivantes, nous avons récemment montré et ce pour la première fois, que la protéine nucléolaire MybBP1A est spécifiquement transloquée du nucléole aux centres de réplication et qu'elle s'associe avec les nouveaux génomes ADN viraux qui sont répliqués (Komatsu et al, Traffic, 2017 ; Komatsu et al, J Virol, 2018). Ce travail représente la première description dynamique de ce processus dans les cellules vivantes. L'objectif de ce projet de thèse est d'étudier de façon plus détaillée l'effet de l'infection virale sur la dynamique du nucléole. Il vise à caractériser les mécanismes impliqués dans les interactions précoces du virus avec le nucléole et qui conduisent à la translocation et l'extraction de protéines nucléolaires. Pour ces travaux, toute une série de techniques de microscopie, y compris de la microscopie en temps réel sur cellule vivante, seront utilisées ainsi que des tests de déplétion/reconstitution et des tests biochimiques d'interaction. Le modèle d'étude déjà établi au laboratoire est celui de l'adénovirus, celui-ci sera d'abord étudié mais une analyse comparative avec d'autres virus est envisagée. Cette proposition de thèse est incluse dans un projet plus vaste, soutenu par la FRM (Equipe labélisée FRM 208), qui vise à élucider les interactions mises en place dès l'entrée du virus entre les génomes viraux et le noyau. Participent aussi à ce projet des collaborateurs internationaux.

  • Titre traduit

    Characterisation of early interactions between viral genomes and nucleolus


  • Résumé

    The nucleolus is a nuclear body that plays a major role in the life cycle of many viruses. Surprisingly, few studies have been conducted to investigate the role of the nucleolus during the onset of natural acute or chronic/latent infections. Moreover, most studies have focused on specific interactions of individual viral proteins. Recent work examining the large-scale effect of virus infection on the nucleolar proteome has again highlighted the importance of viral reorganization of the nucleus. Using direct labelling of viral genomes in living cells we recently showed for the first-time viral replication in living cells. In addition our work showed that the nucleolar protein MybBP1A is specifically translocated from the nucleolus into viral replication centres and associate with newly replicated viral DNA (Komatsu et al. Traffic 2017, JVI 2018). This work is the first dynamic description of such a process in living cells. The aim of this Ph. D proposal is to further investigate the dynamics of the nucleolus at the onset of viral infections and to characterize the mechanism of early viral interactions with the nucleolus resulting in the translocation and extraction of nucleolar proteins. The work will employ a series of microscopy techniques including life cell imaging as well as depletion/reconstitution assays and biochemical interaction studies. Due to the established system work will be primarily conducted with human adenovirus but comparative work with other viruses is envisaged. The Ph.D proposal is embedded in a wider project supported by the FRM (label Equipe FRM 208) to investigate early interaction between viral genomes and the host nucleus and involves international collaboration partners.