Etudier la réactivité du mobilome de Fragaria et Medicago sous stress

par Panpan Zhang

Projet de thèse en Agronomie

Sous la direction de Alain Ghesquière et de Marie Mirouze.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau (Montpellier ; École Doctorale ; 2015-...) , en partenariat avec DIADE - Diversité, Adaptation et Développement des plantes (laboratoire) depuis le 01-04-2018 .


  • Résumé

    Les éléments transposables (TE) sont des éléments génétiques mobiles qui attirent efficacement les marques épigénétiques répressives et peuvent avoir un impact sur la régulation des gènes à proximité. Les objectifs sont (1) identifier le répertoire complet des TE mobiles par séquençage de mobilome chez les plantes stressées de M. lupulina et F. vesca par rapport aux plantes témoins, (2) analyser l'impact de la mobilité TE identifiée sur la stabilité du génome et (3) épigénétique la régulation des gènes. Une stratégie de mobilome-séquençage groupé individuel sera utilisée pour identifier les ADNc spécifiques au traitement. Par la suite, les TE mobiles candidats détectés par séquençage de mobilome seront criblés en utilisant une approche de capture de séquence pour évaluer de nouveaux sites de réinsertion.

  • Titre traduit

    Investigating the Fragaria and Medicago mobilome responsiveness under stress


  • Résumé

    Transposable elements (TEs) are mobile genetic elements that attract efficiently repressive epigenetic marks and can have an impact on nearby gene regulation. Objectives are (1) identifying the full repertoire of mobile TEs through mobilome sequencing in stressed M. lupulina and F. vesca plants as compared to control plants, (2) analyzing the impact of identified TE mobility on genome stability and (3) on epigenetic gene regulation. A pooled-individual mobilome-sequencing strategy will be used to identify treatment- specific ecDNAs. Subsequently, candidate mobile TEs detected by mobilome-sequencing will be screened using a sequence capture approach to evaluate novel re-insert sites.