Développement et utilisation d'outils de diagnostic pour les maladies fongiques du riz

par Kouka hilaire Kabore

Projet de thèse en Sciences agronomiques

Sous la direction de Marc-Henri Lebrun et de Didier Tharreau.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Sciences du Végétal : du gène à l'écosystème , en partenariat avec Biologie et GEstion des Risques en agriculture - Champignons pathogènes des plantes (laboratoire) et de Université Paris-Sud (établissement de préparation de la thèse) depuis le 15-11-2018 .


  • Résumé

    Le riz est l'aliment de base de la moitié de la population mondiale. Son utilisation ne cesse de croitre nécessitant une augmentation de la production et la limitation des pertes de rendements. La culture du riz est sujette à des maladies fongiques qui causent d'importants dégâts (pyriculariose due à Magnaporthe oryzae, helminthosporiose causée par Bipolaris oryzae etc.). Aujourd'hui nous ne disposons pas d'outils de diagnostic des agents pathogènes fongiques correspondants qui permettent des études épidémiologiques, en particulier sur la transmission par les semences, et d'améliorer la lutte contre ces maladies. C'est pourquoi nous proposons ce projet de recherche intitulé « Développement et utilisation d'outils de diagnostic pour les maladies fongiques du riz ». A travers la biologie moléculaire, ce projet de recherche vise à développer des outils de détection des agents pathogènes du riz et de les utiliser pour mieux comprendre leur cycle de vie. Pour ce faire, à partir des données de séquences disponibles des génomes de M. oryzae nous chercherons tout d'abord à développer des marqueurs spécifiques. Pour l'helminthosporiose, dans un premier temps nous chercherons à déterminer les espèces présentes et la diversité au sein de ces espèces. Des marqueurs classiques (séquences de gènes) et des microsatellites seront utilisés pour analyser la diversité d'une collection mondiale de souches obtenues à partir des symptômes. Dans un deuxième temps nous travaillerons à optimiser les méthodes de détection par le développement de méthodes utilisables directement sur le terrain ou dans des laboratoires peu équipés. Pour terminer, nous appliquerons les outils développés dans le suivi de la dynamique des agents pathogènes étudiés.

  • Titre traduit

    Development and usage of diagnotic tools for rice fungal deseases


  • Résumé

    Rice is the basic food of half of the world population. Its use does not stop increasing necessitating an increase of the production and the limitation of rent loss. The culture of rice is subject to fungal deseases which cause a lot of damages (pyriculariosis due to Magnaporthe oryzae, helminthosporiosis caused by Bipolaris oryzae etc.).Today we do not have corresponding diagnostic tools of fungal pathogenic agents which allow epidemiological studies, particularly on the transmission by seeds, and improve the fight against these deseases. That is why we propose this project of research titled « development and usage of diagnostic tools for rice fungal deseases ». Through molecular biology, this research project aims at developing detective tools of rice pathogenic agents and use them to better understand their life cycle. For that, from available sequence data of M.oryzae genomes we first of all look for to develop specific markers. For helminthosporiosis, we firstly look for to determine the present species and the diversity among these species. Classic markers (genes sequences) and microsatellites will be used to analyse the diversity of a worldwide collection of obtained stems from symptoms. Secondly, we will work at optimizing the methods of detection by the development methods directely usable on the ground or in lest eqipped laboratories. To end, we will apply developed tools in the dynamic follow up of pathogenic agents studied.