Outils de nouvelle génération pour la transcriptomique basée sur image

par Arthur Imbert

Projet de thèse en Bio-informatique

Sous la direction de Véronique Stoven et de Thomas Walter.

Thèses en préparation à Paris Sciences et Lettres , dans le cadre de Ingénierie des Systèmes, Matériaux, Mécanique, Énergétique , en partenariat avec Centre de Bio-informatique (laboratoire) et de École nationale supérieure des mines (Paris) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 03-12-2018 .


  • Résumé

    Les objectifs de la thèse sont : - De développer des méthodes d'analyse basées sur l'apprentissage profond. - D'exploiter ces méthodes sur des données d'hybridation fluorescente in situ (FISH) et en particulier analyser l'organisation spatiale des molécules d'ARN au sein de la cellule. - De construire un outil de visualisation et d'analyse de données FISH en 3 dimensions.

  • Titre traduit

    Next generation tools for image based transcriptomics


  • Résumé

    The aims of this project are: - To build an analysis workflow based on deep learning. - To analyze challenging Single molecule Fluorescence in situ hybridization (smFISH) data sets generated during the project and especially spatial organization of RNA molecules. - To build a tool for the visualization and analysis of multi-channel smFISH data in 3D tissues.