Etude de la diversité génétique et caractérisation phénotypique et moléculaire de la résistance, de la virulence d'isolats cliniques de Prevotella bivia

par Yann Dumont

Projet de thèse en Biologie Santé

Sous la direction de Sylvain Godreuil et de Rémy Froissart.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de Sciences Chimiques et Biologiques pour la Santé (Montpellier ; Ecole Doctorale ; 2015-....) , en partenariat avec MIVEGEC - Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle (laboratoire) et de Génétique et Biodiversité des Systèmes Infectieux - GeneSys (equipe de recherche) depuis le 01-06-2018 .


  • Résumé

    Prevotella bivia est une espèce bactérienne anaérobie isolée dans le microbiome digestif, ainsi que dans le microbiome vaginal. Elle fait partie des quatre bactéries associées à la vaginose. Cette espèce est aussi retrouvée dans des prélèvements d'abcès profond, surtout au niveau génital mais non exclusivement. Enfin, P. bivia peut être isolée en portage sain. Actuellement aucune étude d'épidémiologie moléculaire sur des souches cliniques P. bivia n'est disponible, et peu de données sur les mécanismes et les supports génétiques de virulences et de résistances sont disponibles. L'objectif de ce projet est d'explorer la diversité génétique et de caractériser les facteurs de virulences et de résistances aux antibiotiques parmi les isolats cliniques de P. bivia. Deux techniques de génotypage seront mises au point de novo et comparées entre elles et aux données du séquençage génomique complet : une basée sur le nombre de répétition au sein des micro- et mini-satellites (MLVA), et une basée sur les mutations ponctuelles au sein de gènes de ménage sélectionnés (MLST). La résistance phénotypique des souches de la collection aux antibiotiques sera évaluée par une technique en diffusion sur milieu gélosé. Des PCR spécifiques visant les différents gènes de résistance identifiés dans les souches séquencées de novo ou à disposition sur les bases de données seront réalisés chez les souches résistantes. La virulence des souches sera explorée par la recherche d'une production de biofilm et la mise en évidence de gènes de virulence identifiés dans un travail de génomique comparative. Ce travail pourra montrer une répartition des souches des différents génotypes en fonction du contexte dans laquelle elles ont été isolées (portage sain, vaginose ou infection profonde). De même, cette répartition pourrait être cohérente avec les différents gènes de résistances et de virulences mis en évidence dans ces travaux, ou encore avec l'origine géographique des différentes souches. Une autre option possible est la mise en évidence d'éléments génomiques mobiles liés à la pathologie, à la résistance ou encore à la virulence des souches.

  • Titre traduit

    Study of the genetic diversity and of phénotypique and genomic caracterisation of the resistance and virulence of clinical isolates of Prevotella bivia


  • Résumé

    Prevotella bivia is a species of anaerobic bacteria frequently isolated from the gastro-intestinal tract and in the vaginal flora. It is one of the four bacteria associated with vaginosis. This species can also be found in abscesses, notably but not exclusively from the genital tract. However, it can be found in healthy carrier. No study of molecular epidemiology on clinical isolates has been published to date, and few data are available on mechanisms and genetic vectors of resistance and virulence in this species. The aim of this project is to explore the genomic diversity and characterise virulence and resistance factors in clinical isolates of P. bivia. Two techniques of genotyping will be developed, one based on the number of repetition of VNTR (MLVA), and one on mutations in a set of household genes (MLST). Phenotypic resistance of the isolates will be evaluated using antibiotics diffusion in agar. PCR specific of resistance genes identified in de novo sequenced or publicly available genomes will be performed on the resistant strains. Virulence of the isolates will be evaluated by their ability to produce a biofilm, and by the presence of virulence genes identified by comparative genomic. This work may show a repartition of the different genotypes identified according to the context in which they have been retrieved (healthy carrier, vaginosis or infection). This repartition may be concordant with the resistance and virulence genomic profiles identified during the study, or their geographic origin. We may even found mobile genomic elements linked to pathogeny, resistance or virulence of the strains.