Pathologies digestives aigues chez les patients hospitalisés en réanimation. Utilisation de la base de données MIMIC-III.

par Abdellah Hedjoudje

Projet de thèse en Médecine, santé publique, environnement et société

Sous la direction de Gael Piton et de Elisabeth Monnet.

Thèses en préparation à Bourgogne Franche-Comté , dans le cadre de École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....) , en partenariat avec Marqueurs pronostiques et facteurs de régulations des pathologies cardiaques et vasculaires (laboratoire) depuis le 09-11-2018 .


  • Résumé

    Le développement récent des outils informatiques et la digitalisation croissante des données médicales permettent aux professionnels de santé une nouvelle approche clinique, mais apporte également aux chercheurs de nouvelles méthodes de génération de connaissances, en leur permettant de mieux appréhender les causes et conséquences des pathologies . Ces bases de données de plus en plus nombreuses, et le partage à des fins de recherche est de plus en plus encouragé pour éviter le « gâchis » dans la recherche. La base de données MIMIC-III (Medical Information Mart for Intensive Care) est une base de données volumineuse, monocentrique, comprenant des informations sur les patients admis dans des unités de soins intensifs d'un grand hôpital de soins tertiaire, le Beth Israel Deaconess Medical Center (BIDMC) lié à la Harvard Medical School. Après un travail d'anonymisation des données de patient de nombreuses informations cliniques de routines ont été rendues publiques. Ainsi, plus de 58 000 données d'admission hospitalière pour un total de 46 520 patients et 61 532 hospitalisations en unité de soin intensif ont été rendues publiques en 2016. Ces données correspondent aux informations cliniques entrées par les médecins, internes, paramédicaux et agents administratifs entre 2001 et 2012. La base de donnée gagne en popularité été utilisée de manière régulière comme l'atteste le nombre de publications grandissant. La base de donnée MIMIC III est une base de donnée relationnelle comprenant au total 26 tables incluant, des données démographiques, de monitoring, d'entrées et de sorties liquidiennes, de traitements, microbiologiques et de laboratoires, des données de codage et de facturation, des notes cliniques et des données radiologiques rapportés de manière chronologique permettant ainsi de suivre l'évolution clinique et devenir des malades. Les pathologies digestives sont peu étudiées chez les patients hospitalisés en réanimation, contrairement à l'analyse des maladies infectieuses, détresse respiratoire, état de choc… et ne se limite aujhourd'hui qu'a de petites études rétrospectives et de faible ampleur. La base de donnée MIMIC III constitue donc une opportunité pour explorer ce champ de la réanimation sur un grand nombre de patient.

  • Titre traduit

    Acute digestive diseases in the critically ill patient hospitalized in the ICU. Data from the MIMIC III database.


  • Résumé

    The recent development of computer tools and the increasing digitization of medical data allow health professionals a new clinical approach with patient managemet, but also provides researchers with new methods of generating knowledge, allowing them to better understand the causes. and consequences of pathologies. These growing databases and sharing for research purposes is increasingly encouraged to avoid the "waste" in research. The Medical Information Mart for Intensive Care (MIMIC-III) database is a large, single-center database continaing information on patients admitted to intensive care units in a large tertiary care hospital, the Beth Israel Deaconess Medical Center (BIDMC) linked to Harvard Medical School. After an anonymization work of patient data many clinical information routines were made public. Thus, more than 58,000 hospital admission data for a total of 46,520 patients and 61,532 intensive care unit hospitalizations were made public in 2016. These data were collected routinely by doctors, interns, paramedics and adminstrative agents. between 2001 and 2012. The MIMIC -III database is linked to the Social Security Death Index table and thus contains up-to-date data on out-of-hospital mortality. The database was used already on a regular basis, the number of publications Digestive diseases are poorly studied in patients hospitalized in intensive care, unlike the analysis of infectious diseases, respiratory distress, shock ... and is currently limited to small retrospective studies and small scale. The MIMIC III database is therefore an opportunity to explore this field of resuscitation on a large number of patients