Détection de métabolites par FRET et LC-MS pour analyser les variations métaboliques et leurs effets sur les marqueurs épigénétiques

par Marius Horeau

Projet de thèse en Chimie Biologie

Sous la direction de Uwe Schlattner.

Thèses en préparation à Grenoble Alpes , dans le cadre de École doctorale chimie et science du vivant (Grenoble) , en partenariat avec Laboratoire Bioénergétique Fondamentale et Appliquée (laboratoire) depuis le 01-12-2018 .


  • Résumé

    Nous avons un financement pour un étudiant en thèse dans un consortium interdisciplinaire à l'université Grenoble Alpes sur le thème émergent des interactions entre le métabolisme et l'épigénétique (SYMER project). Le projet de thèse vise à analyser les changements de concentration de certains métabolites à travers des variations du métabolisme et leurs effets sur les marqueurs épigénétiques. Un large panel de méthodologies seront appliquées dans le domaine de la biologie moléculaire et cellulaire ainsi qu'en métabolomique. Le projet inclus également une opportunité de collaboration avec des laboratoires situés à Bristol et Zürich. Le/la candidat(e) retenu(e) devra justifier de connaissances solides en biochimie et biologie moléculaire, avoir l'esprit d'équipe et présenter un intérêt pour des stages à l'étranger. Une expérience en culture cellulaire et/ou métabolomique serait un plus. Il/elle devra faire preuve d'un fort intérêt pour l'analyse du métabolisme à l'échelle cellulaire via des technologies de pointe. Les méthodes utilisées comprennent l'optimisation et le déploiement d'un nouveau senseur FRET codé génétiquement, l'observation par microscopie confocal/par fluorescence, l'établissement d'un procédé métabolomique basée sur la LC-MS pour la détection de métabolites spécifiques, et enfin l'application de ces technologies à des cellules stressées. Nous sommes une petite équipe interdisciplinaire du LBFA/Inserm U1055 travaillant dans le domaine de la bioénergétique et du métabolisme et localisé au campus universitaire de Saint Martin d'Hères. Nous offrons ce poste pour une durée de 3 ans ainsi qu'un excellent environnement de recherche à travers notre laboratoire très récent et nos collaborateurs reconnus localement et internationalement.

  • Titre traduit

    Metabolite detection by FRET and LC-MS to analyze metabolic shifts and their effects on epigenetic marks


  • Résumé

    We have an opening for a Ph.D. student in an interdisciplinary multi-team consortium at the University Grenoble Alpes that addresses the emerging interplay between metabolism and epigenetics (SYMER project). The PhD project will analyze cellular changes of specific metabolite concentrations upon metabolic shifts and their potential effects on epigenetic marks. It applies a broad panel of methodologies in molecular and cell biology as well as metabolomics. The project will also include opportunities for laboratory training with external collaborators in Bristol (UK) and Zürich (Switzerland). The successful, highly motivated candidate should have a solid background in biochemistry and molecular biology, as well as team spirit and interest in training visits abroad. Experience with cell culture and/or metabolomics is an advantage, but not essential. He/she should have a strong interest in the analysis of metabolism at the cellular level by cutting-edge technologies. Applied methods will comprise optimization and cellular deployment of a novel genetically encoded FRET sensor, observed by fluorescence/confocal microscopy, the establishment of a LC-MS based metabolomics pipeline for detection of specific metabolites, as well as the application of these technologies to metabolically challenged cells (1-3). We are a small, multidisciplinary, and successful group at LBFA/Inserm U1055 working in the field of bioenergetics and metabolism (4-8), located on the St. Martin d'Hères/Gières University campus. We offer an appointment for the duration of three years and an excellent research environment within our new laboratory building and recognized local and international collaborators.