Relations génome, transcriptome et épigénome chez le champignon filamenteux Trichoderma reesei

par Sarah Fajon

Projet de thèse en Biologie moléculaire et cellulaire

Sous la direction de Antoine Margeot et de Frédérique Bidard-michelot.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement et Santé , en partenariat avec IFPEN - Biotechnologies (laboratoire) et de institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (AgroParisTech) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 05-11-2018 .


  • Résumé

    Trichoderma reesei, champignon filamenteux appartenant au phylum des ascomycètes, a la capacité de sécréter une grande quantité d'enzymes cellulolytiques utilisés à l'échelle industrielle pour produire des sucres fermentescibles à partir de la biomasse lignocellulosique. Chez les champignons filamenteux, des processus biologiques tels qu'une réponse rapide à des changements environnementaux, la production de métabolites secondaires ou d'enzymes industriels impliquent des mécanismes de contrôle épigénétique via une variation dans l'état de la chromatine (transition entre un état de transcription active vers un état de transcription inactive). L'acquisition de cette connaissance est essentielle pour définir des stratégies ayant pour objectif de contrôler plus efficacement la production d'enzymes ou de métabolites par les champignons. Cependant, la dynamique chromatinienne qui caractérise la transition entre des conditions de vie du champignon reste mal définie. Le projet propose de définir un profil de l'état de la chromatine dans une souche productrice de cellulases et d'identifier les éléments régulateurs clés qui pourraient être ciblés pour optimiser les souches industrielles.

  • Titre traduit

    Relationships between genome, transcriptome and epigenome in the filamentous fungi Trichoderma reesei


  • Résumé

    The filamentous fungus Trichoderma reesei can secrete high amounts of cellulolytic enzymes which are used at an industrial scale to produce fermentescible sugars from lignocellulosic biomass. In fungi, various biological processes, such as a rapid response to environmental changes, the production of secondary metabolites or industrial enzymes, involve epigenetic control mechanisms via chromatin status changes (transition from transcriptional inactive to active state, and vice versa). The acquisition of such knowledge is crucial for the definition of strategies aiming at efficiently controlling fungal productions. However, the chromatin dynamics that characterize switches between various fungal life traits – e.g., cellulases production vs. non production, stability vs. instability – remain unclear. The present project proposes to define a chromatin signature of cellulases producing strain by unraveling the chromatin dynamics and to identifying key regulatory elements that could be targeted to optimize fungal strains.