Résistance aux antimicrobiens et pathogénicité des isolats d'Enterococcus cecorum en France

par Jeanne Laurentie

Projet de thèse en Microbiologie

Sous la direction de Pascale Serror et de Isabelle Kempf.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement et Santé , en partenariat avec MICALIS- Microbiologie de l'Alimentation au service de la santé humaine (laboratoire) , UMR Micalis- Pôle Risques- Equipe CPE- Commensalisme et Pathogénie des Entérocoques (equipe de recherche) et de institut des sciences et industries du vivant et de l'environnement (AgroParisTech) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-11-2018 .


  • Résumé

    Depuis 2002, Enterococcus cecorum émerge comme une cause mondiale de boiteries chez les volailles, particulièrement chez les poulets de chair à croissance rapide. Cette bactérie est principalement responsable de spondylarthrite, mais aussi de nécrose de la tête fémorale et d'ostéomyélite. Ainsi, les infections à E. cecorum engendrent une souffrance animale et contribuent à l'utilisation d'antibiotiques, susceptibles d'entraîner des résistances. La pathogénicité d‘E. cecorum est peu étudiée et rares sont les données disponibles concernant la résistance aux antimicrobiens dans les isolats cliniques français. Le projet de cARAPACE a pour objectif de caractériser la résistance aux antimicrobiens et la pathogénicité des isolats français d'E. cecorum. Il s'agira d'exploiter une collection de 100 isolats cliniques déjà disponibles, phénotypiquement caractérisés et séquencés dans le cadre d'un projet en cours (CecoType), et d'une centaine d'isolats commensaux ou cliniques obtenus dans le cadre d'un autre projet en cours (COLISEE) et des programmes de surveillance. La détermination des concentrations minimales inhibitrices d'antibiotiques permettra de définir les seuils épidémiologiques pour l'espèce. L'analyse génomique des isolats séquencés permettra d'identifier les gènes et mécanismes d'antibiorésistance ainsi que les gènes associés à la virulence. Des analyses multivariées s'appuyant sur des données environnementales, génomiques et phénotypiques (résistance aux antibiotiques, adhérence au collagène, formation de biofilms et susceptibilité au sérum) principalement générées dans le projet CecoType permettront d'explorer la diversité des souches et de déduire l'association potentielle entre le contenu génétique et le potentiel de virulence. Les gènes identifiés comme pertinents pour les isolats pathogènes seront testés comme marqueurs de typage sur des isolats issus de programmes de surveillance. Si l'avancée du programme de travail le permet, l'impact des traitements antimicrobiens sur la persistance, la sélection ou l'émergence d'E. cecorum résistant aux antimicrobiens dans le microbiote intestinal sera évalué dans un modèle de colonisation intestinale chez le poulet de chair inoculé avec des souches d'E. cecorum et/ou d'entérocoques porteurs de gènes codant une résistance à un antimicrobien d'importance en santé publique. L'ensemble du projet donnera une vue intégrée de la structure de la population des souches d'E. cecorum circulant dans les élevages français de poulets de chair.

  • Titre traduit

    Antimicrobial resistance and pathogenicity of Enterococcus cecorum isolates in France


  • Résumé

    Antimicrobial resistance and pathogenicity of Enterococcus cecorum isolates in France Since 2002, Enterococcus cecorum has emerged as a worldwide cause of lameness in poultry, particularly in fast growing broilers. This bacterium is mostly responsible for spondylitis, but also femoral head necrosis and osteomyelitis. Thus E. cecorum infections lead to animal suffering and contribute to antibiotics use, likely to cause resistance. E. cecorum pathogenicity is poorly studied and few data are available concerning the antimicrobial resistance in French clinical isolates. The cARAPACE project aims to characterize the antimicrobial resistance and pathogenicity of the French E. cecorum isolates. It will be exploting a collection of 100 clinical isolates already available and phenotypically characterized and sequenced in the framework of the project CecoType, and a hundred clinical or commensal isolates obtained in another on-going project and in surveillance programs. The determination of minimum inhibitory concentrations of antibiotics will define the epidemiological cut-offs for the species. Genomic analysis of sequenced isolates will identify the genes and mechanisms of antibiotic resistance and virulence-associated genes. Multivariate analysis based on environmental, genomic and phenotypic data (antibiotic resistance, adhesion to collagen, biofilm formation and susceptibility to serum) provided within CecoType will explore the strain diversity and infer association between genetic content and virulence potential. Genes identified as relevant for pathogenic isolates will be tested as molecular markers from isolates of surveillance programs. Depending of the progress of the work, the impact of antimicrobial treatments on persistence, selection or emergence of E. cecorum resistant to antimicrobials in the intestinal microbiota will be assessed in a model of intestinal colonization with the broiler inoculated with strains of E. cecorum and/or enterococci carrying genes coding for resistance to an antimicrobial of public health importance. The whole project will provide an integrated view of the population structure of E. cecorum strains circulating in French broilers.