Algorithmes du texte et phylogénétique pour la métagénomique

par Nikolai Romashchenko

Projet de thèse en Informatique

Sous la direction de Eric Rivals et de Fabio Pardi.

Thèses en préparation à Montpellier , dans le cadre de École Doctorale Information, Structures, Systèmes (Montpellier ; 2015) , en partenariat avec Laboratoire d'informatique, de robotique et de micro-électronique (Montpellier ; 199.-....) (laboratoire) et de Département Informatique (equipe de recherche) depuis le 01-10-2018 .


  • Résumé

    Le ou la doctorant(e) s'attaquera à une question clef en bioinformatique évolutive traitant de métagénomique. Plus précisément, on s'intéresse d'une part à classifier les séquences d'un échantillon environnemental (lectures NGS) dans un arbre évolutif des espèces, d'autre part à détecter des recombinaisons génétiques entre les génomes présents dans l'échantillon. Pour aboutir à un algorithme efficace, on cherche à combiner les techniques d'indexation de données et l'analyse évolutive.

  • Titre traduit

    Allying string algorithms and phylogenetics for metagenomics and evolution


  • Résumé

    The PhD candidate will tackle key problems in metagenomics and evolutionary bioinformatics, namely the identification of the species behind the DNA found in an environmental sample, and the detection of recombinant genomes. The originality of the approach that we propose lies in the application, within evolutionary analyses, of ideas from string algorithmics that avoid the computationally-intensive task of sequence alignment.