Identification de nouveaux gènes impliqués dans des maladies génétiques rares à partir du séquençage haut débit d'exome et d'approches bioinformatiques.

par Philippine Garret

Projet de thèse en Biochimie et biologie moléculaire

Sous la direction de Laurence Olivier-faivre et de Christel Thauvin.

Thèses en préparation à Bourgogne Franche-Comté , dans le cadre de Environnements Santé , en partenariat avec Lipides Nutrition Cancer (laboratoire) depuis le 15-03-2017 .


  • Résumé

    Identification de nouveaux gènes impliqués dans des maladies génétiques rares à partir du séquençage haut débit d'exome (SHD-E) et d'approches bioinformatiques Le SHD-E se présente comme une innovation majeure pour les patients suspects de maladie génétique en errance diagnostique, permettant d'identifier une cause dans 35% des cas, et dans 15% supplémentaires un variant candidat. Une analyse secondaire dans le cadre de la recherche peut permettre d'augmenter significativement les pistes diagnostiques, en contribuant au classement des variants de signification inconnue dans des gènes déjà identifiés en pathologie humaine, et en identifiant de nouveaux candidats dans des gènes non identifiés en pathologie humaine. Dans ce dernier cas, un partage de données national et international permet de réaliser rapidement des cohortes de patients basées sur le génotype, et permettant de décrire une nouvelle pathologie génétique. Les objectifs seront tout d'abord d'identifier de façon collaborative au moins trois nouveaux gènes responsables des maladies génétiques rares à partir du SHD-E pour réduire l'errance diagnostique des patients ainsi que de participer à l'amélioration du pipeline de recherche bioinformatique. Puis il s'agira de mettre en place une base de partage de données commune entre les deux équipes (GAD et Cerba), base qui pourrait également être proposée en extension nationale à la filière AnDDI-Rares (Filière de Santé Anomalies du Développement et Déficience intellectuelle de Causes Rares)

  • Titre traduit

    Identification of new genes responsible for rare genetic diseases using whole exome sequencing strategies and bioinformatics approaches


  • Résumé

    Identification of new genes responsible for rare genetic diseases using whole exome sequencing (WES) strategies and bioinformatics approaches. The WES is a major innovation for diagnostic delayed patients with suspected genetic disease, enabling a cause or a candidate identification in respectively 35% and 15% additional of the cases. A secondary analysis in research program can allow a significant increase of the new diagnoses number. That contributes to unknown significance variants classification in already identified human diseases genes; and the identification of new unknown human diseases genes. In the last case, national and international data sharing quickly enables genotype based cohorts creation, allowing a new genetic pathology description. A the beginning the goals will be the collaborative identification of at least 3 new human diseases genes based on WES in order to decrease patients' diagnostic delay and to improve bioinformatics research pipeline. Then there will be a common shared database implementation between the two teams (GAD and Cerba), which could be nationally extended to the AnDDI-Rares branch (Rare Developmental Abnormalities and Intellectual Disability Causes Health Branch).